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El ADN del virus actúa como una huella digital y se usa la comparación de la secuencia del brote de la enfermedad con genomas de referencia internacionales para intentar establecer relaciones genéticas entre focos.
Para clasificarlo, se aplicó el esquema de caracterización molecular armonizado desarrollado por el Laboratorio de Referencia de la Unión Europea para la PPA (EURL-PPA, CISA-INIA/CSIC), que combina un enfoque multigénico con la secuenciación completa del genoma.
Características del virus de PPA
El VPPA es un virus:
- ADN de doble cadena
- Excepcionalmente grande y complejo, con aproximadamente:
- 170.000-194.000 nucleótidos
- ± 170 genes, dependiendo del aislado viral
- Muestra una elevada conservación genética, especialmente en la región central del genoma
¿Cómo se clasifican los virus de la PPA?
Nivel 1. Clasificación genotípica global del virus de la PPA
El virus de la PPA se ha clasificado tradicionalmente utilizando la secuencia de un gen llamado B646L, que codifica la proteína estructural p72. Basándose en las diferencias en este gen, podemos establecer un primer nivel para clasificar los virus que ha permitido identificar 24 genotipos a nivel mundial.
A pesar de esta diversidad global, desde su introducción en Georgia en 2007, procedente del este de África, el genotipo II ha sido el principal motor de la actual pandemia de PPA a nivel mundial, afectando a numerosos países de Europa, Asia y Oceanía, y alcanzando en 2022 a la República Dominicana y Haití en América.
En la actualidad, el genotipo II es el único que circula en Europa, tanto en poblaciones de jabalí como en porcino doméstico.
Los virus dentro del genotipo II son extremadamente similares genéticamente entre sí, por lo que este primer nivel de clasificación resulta insuficiente para discriminar entre virus estrechamente relacionados y para investigar el origen y la relación entre brotes a escala regional o local.
Nivel 2. Enfoque multigénico para la diferenciación intra-genotípica del VPPA
Para superar la limitación que suponía la gran similitud genética de los distintos virus perteneciente al genotipo II, se desarrolló un enfoque multigénico basado en la secuenciación de 6 regiones adicionales del genoma viral.
- La región intergénica (IGR, por su sigla en inglés)- entre los genes I73R e I329L
- La región central variable (CVR) del gen B602L
- El gen O174L
- El gen K145R
- La región intergénica entre los genes 9R/10R de la familia multigénica 505 (MGF multigene family)
- La región denominada ECO2, localizada entre los genes I329L e I215L
Este enfoque permite analizar de forma conjunta variantes genéticas presentes en distintas regiones del genoma, incluyendo secuencias repetidas en tándem (SRT) y mutaciones puntuales (SNPs –single nucleotide polymorphism), proporcionando una resolución significativamente superior a la obtenida mediante marcadores individuales.
La combinación específica de las variantes detectadas en cada una de estas regiones define una firma genética característica para cada virus.
Sobre esta base se han definido hasta 28 subgrupos genéticos dentro del genotipo II actualmente circulante en Europa. El subgrupo genético 1 corresponde al perfil basal del genotipo II y está asociado a la cepa de referencia del VPPA Georgia 2007/1.
Esta clasificación tiene un propósito estrictamente epidemiológico, orientado a la trazabilidad molecular y al análisis de las rutas de dispersión del virus y no implica diferencias conocidas en virulencia, transmisibilidad o presentación clínica.
El virus detectado en jabalíes en la zona de Collserola, cerca de Barcelona, mostró diferencias genéticas respecto a los virus descritos anteriormente. Debido a estas diferencias, se ha clasificado dentro de un nuevo grupo genético: el grupo 29 dentro del genotipo II (tabla 1).
Tabla 1. Subgrupos genéticos del genotipo II del VPPA definidos mediante el enfoque multigénico: perfil genético.
| Subgrupo | CVR | IGR I73R / I329L | O174L | K145R | IGR MGF 505 9R/10R | ECO2 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | I | I | I | I | I | I |
| 2 | I | I | I | I | II | I |
| 3 | I | II | I | I | I | I |
| 4 | I | I | I | I | III | I |
| 5 | II | II | I | I | I | I |
| 6 | I | II | II | II | I | I |
| 7 | I | II | I | II | I | I |
| 8 | I | II | I | II | II | I |
| 9 | I-SNP1 | II | I | I | I | I |
| 10 | I | I | II | II | I | I |
| 11 | I-SNP1 | II | I | II | I | I |
| 12 | I | II | I | I | II | I |
| 13 | I | III | II | II | I | I |
| 14 | I-SNP1 | II | I | I | I | I |
| 15 | I | II | I | I | V | I |
| 16 | I | II | I | I | IV | I |
| 17 | I | II | I | I | I-V1 | I |
| 18 | I | III | II | I | I | I |
| 19 | I | II | I | I | I | II |
| 20 | I | IV | I | II | I | I |
| 21 | I | II | II | I | I | I |
| 22 | I | II | II | I | I | II |
| 23 | I | II | I | I | VII | I |
| 24 | I | II | I | I | VI | I |
| 25 | I | II | I | II | VIII | I |
| 26 | I | II | I-SNP1 | I | I | I |
| 27 | I | II | I | II | V | I |
| 28 | I | II | I | I | IX | I |
| 29 | I | II | I | I | I-V2 | I |
El aislado español muestra un perfil genético estrechamente relacionado con el basal del genotipo II (Georgia 2007), coincidiendo en cinco de las seis regiones analizadas y diferenciándose en una. En la región intergénica MGF505-9R/10R se detectó una mutación (G→A) no descrita previamente entre los 1.186 virus del genotipo II disponibles en la base de datos del EURL-PPA ni en bases de datos internacionales.
¿Qué significan las variantes?Dentro de cada región analizada, las variantes se nombran de forma estandarizada:
De esta manera podemos diferenciar virus similares con alto nivel de detalle, manteniendo la coherencia entre estudios. |
Evaluación de la cobertura genética del VPPA del genotipo II en Europa
La comparación con otros brotes requiere disponer de información genética actualizada y representativa de los virus que están circulando en Europa.
Se categorizaron los países en función de la cobertura genética disponible en la base de datos de secuencias del Laboratorio de Referencia de la Unión Europea para la PPA y los datos oficiales de notificación de brotes en cerdo doméstico y jabalí.
| Categoría | Año del último aislamiento caracterizado genéticamente | Número total de virus secuenciados disponibles | Existencia de circulación activa del VPPA | Declaración oficial de erradicación cuando procede | Países |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Hasta 2025 | Número representativo | Circulación activa | Estonia, Grecia, Croacia, Italia, Rumania, Moldavia | |
| 2 | Información genética reciente (2023–2024) | Se dispone de secuencias asociadas al último episodio epidemiológico | Activa o países en los que la PPA ha sido erradicada | Bélgica, Bulgaria, Rep. Checa, Alemania, Letonia, Eslovaquia, Suecia, Albania, Bosnia-Herzegovina, Macedonia, Montenegro, Kosovo | |
| 3 | Datos genéticos limitados (2021–2022) | Circulación activa | Lituania, Polonia | ||
| 4 | Ausencia de datos genéticos en los últimos cinco años o número muy reducido de aislados disponibles | Circulación activa | Hungría, Serbia, Ucrania, Fed. Rusa, Armenia, Azerbaiyán, Bielorrusia, Georgia | ||
Esta clasificación pone de manifiesto la existencia de lagunas geográficas y temporales relevantes en la información genética disponible en Europa.
Tabla 3: Número de aislados del virus de la peste porcina africana del genotipo II y porcentaje correspondiente, calculado sobre un total de 1.187 secuencias para las que se dispone de información completa de las seis regiones genómicas.
| Grupo genético | Distribución geográfica (año) | Nº | % |
|---|---|---|---|
| 1 | Georgia (2007), Armenia (2007–2008), Azerbaiyán (2008), Federación Rusa (2009, 2012, 2019), Polonia (2022) | 11 | 0,9 |
| 2 | Federación Rusa (2012) | 1 | 0,1 |
| 3 | Ucrania (2012, 2019), Bielorrusia (2013), Lituania (2014–2018, 2020–2022), Polonia (2014, 2018, 2021–2022), Letonia (2014–2015, 2017–2024), Estonia (2014–2025), República Checa (2017–2018), Rumanía (2017–2019, 2021, 2023–2024), Moldavia (2017–2018, 2025), Hungría (2018– 2019), Bélgica (2018), Eslovaquia (2019–2020, 2022–2023), Italia (2022–2023), Federación Rusa (2019) | 439 | 37,0 |
| 4 | Federación Rusa (2012) | 1 | 0,1 |
| 5 | Estonia (2015–2016) | 7 | 0,6 |
| 6 | Polonia (2016, 2019, 2021–2022), Alemania (2020–2024), República Checa (2022, 2024) | 154 | 13,0 |
| 7 | Polonia (2016–2019, 2021), Lituania (2017–2018, 2020–2022), Rumanía (2019), Letonia (2021, 2023–2024), Federación Rusa (2018) | 156 | 13,1 |
| 8 | Polonia (2016–2017) | 11 | 0,9 |
| 9 | Estonia (2017) | 10 | 0,8 |
| 10 | Polonia (2017) | 2 | 0,2 |
| 11 | Polonia (2017) | 1 | 0,1 |
| 12 | Letonia (2017–2018, 2021–2024) | 29 | 2,4 |
| 13 | Polonia (2017) | 1 | 0,1 |
| 14 | Lituania (2017), Letonia (2023–2024) | 4 | 0,3 |
| 15 | Lituania (2017) | 1 | 0,1 |
| 16 | Lituania (2017–2018) | 5 | 0,4 |
| 17 | Letonia (2017–2018) | 3 | 0,3 |
| 18 | Polonia (2018) | 1 | 0,1 |
| 19 | Rumanía (2018, 2021, 2023–2025),Bulgaria (2018–2020, 2024), Serbia (2019–2020, 2022), Grecia (2020, 2024–2025), Macedonia del Norte (2022, 2024), Italia (2022–2023), Suecia (2023), Croacia (2023–2025), Bosnia y Herzegovina (2023), Montenegro (2024), Albania (2024), Kosovo (2024), Moldavia (2025) | 268 | 22,6 |
| 20 | Polonia (2018–2019, 2021–2022) | 23 | 1,9 |
| 21 | Rumanía (2019), República Checa (2024) | 8 | 0,7 |
| 22 | Rumanía (2019) | 12 | 1,0 |
| 23 | Letonia (2020) | 1 | 0,1 |
| 24 | Rumanía (2021) | 1 | 0,1 |
| 25 | Italia (Lacio, 2023) | 12 | 1,0 |
| 26 | Italia (Piamonte, 2023) | 4 | 0,3 |
| 27 | Polonia (2021–2022) | 15 | 1,3 |
| 28 | Estonia (2022–2024) | 5 | 0,4 |
| 29 | España (2025) | 1 | 0,1 |
Nivel 3. Secuenciación completa del genoma del virus detectado en España
Se procedió a la secuenciación completa del genoma del aislado español con el objetivo de obtener el máximo nivel de resolución genética.
La nomenclatura propuesta para la cepa hallada en Barcelona es SP25WB2611 y la secuencia está disponible en GenBank en este link
El análisis reveló que el aislado presenta:
- una longitud total de 180.757 nucleótidos
- una reducción aproximada de 9,8 kb debida a una deleción de gran tamaño. Esta delección implica la pérdida completa de 21 genes, destacando genes de las familias multigénicas (MGF). En particular, varios genes de las familias:
- MGF110 (MGF110-7L, -8L, 9L, -10L/14L, -12L, -13La y -13Lb)
- MGF360 (MGF360-4L y MGF360-6L)
- GF100 (MGF100-1R)
Deleciones en esta región, aunque no idénticas en extensión ni en contenido génico, han sido descritas tanto en Europa como en África, lo que indica que este tipo de reorganizaciones estructurales forma parte de la dinámica evolutiva natural del virus.
Fuera de la región delecionada, el aislado español muestra una elevada estabilidad genética en comparación con la cepa de referencia del genotipo II Georgia 2007/1. El análisis comparativo reveló:
- Una identidad nucleotídica superior al 99,9 % en todas las regiones compartidas entre ambos genomas.
- Comparado con Georgia 2007/1, se identificaron:
- 18 mutaciones puntuales (SNPs).
- 13 inserciones y deleciones cortas (INDELs) de menos de 5 nucleótidos.
- Destaca una deleción de 5 nucleótidos localizada en un gen de la familia MGF505, no identificado en ninguno de los aislados disponibles en las bases de datos públicas.
Escenarios sobre el origen del virus
Hasta la fecha, no ha sido posible establecer de manera directa un origen geográfico o epidemiológico concreto del brote. La presencia de una firma genética única en el aislado español permite descartar su relación con secuencias del genotipo II disponibles actualmente en las bases de datos públicas.
Liberación accidental desde un laboratorio de investigación
Para evaluar la hipótesis de una posible liberación accidental desde un laboratorio de investigación, se analizaron en el laboratorio nacional de referencia 81 muestras procedentes de virus utilizados en actividades experimentales en CReSA-IRTA. Ninguna de ellas presentó los marcadores genéticos específicos (SNPs) identificados en el virus español causante del brote.
Los resultados obtenidos no mostraron coincidencia genética alguna entre el aislado español y los virus utilizados en actividades experimentales en el CReSA-IRTA, ni a nivel de marcadores parciales ni a escala de genoma completo.
Introducción desde focos activos europeos mediante transmisión natural o progresiva
No se considera probable, ya que el foco europeo activo más cercano en el momento de la detección (Italia), está situado a una distancia superior a 500–600 km y los países situados entre ambos poseen programas robustos de monitorización frente a la PPA. Además, el perfil genético del virus detectado en España no mostró una relación estrecha con los virus italianos.
Introducción deliberada
En un supuesto escenario de introducción deliberada resulta poco coherente utilizar una cepa como la del aislado español con una gran delección y un comportamiento biológico incierto, que reduce su previsibilidad en términos de transmisión y patogenicidad. Las introducciones deliberadas suelen asociarse a cepas bien caracterizadas y con comportamiento epidemiológico conocido.
Introducción a larga distancia mediada por actividades humanas
Esta vía constituye el mecanismo más común de dispersión del vPPA a grandes distancias y está ampliamente documentada en la epidemiología de la enfermedad. Este escenario es compatible con diversos elementos epidemiológicos observados en el brote detectado en Cataluña:
- Aparición aislada del foco.
- Ausencia de focos intermedios en países vecinos.
- Localización del brote en un entorno altamente conectado, con elevada movilidad humana y una densa red de infraestructuras viarias y ferroviarias.
- Divergencia genética respecto a los linajes dominantes en Europa, incluidos los más próximos, lo que sugiere una introducción no vinculada a la expansión geográfica conocida.
El área afectada añade elementos que aumentan la plausibilidad de introducción mediante residuos. Los brotes se localizaron en un entorno donde los núcleos urbanos están embebidos en matriz forestal y agrícola, hay presencia estable de poblaciones de jabalí sin barreras físicas relevantes y con acceso a contenedores domésticos, áreas de picnic, parques muy transitados, áreas periurbanas, e infraestructuras viales y ferroviarias.
Informe realizado por el COMITÉ CIENTÍFICO PARA EL ASESORAMIENTO EN RELACIÓN CON EL BROTE DE PESTE PORCINA AFRICANA EN ESPAÑA.
Maria del Carmen Gallardo Frontaura
Marta Martínez Avilés
Christian Gortázar Schmidt
Carlos Sánchez García-Abad
Antonio Palomo Yagüe
Daniel Babot Gaspa
Jesús Salas Calvo
Emilio García Muro
Ana Rodríguez Castaño
Este informe preliminar se refiere a materias conocidas hasta el 31.01.2026
