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Detección de virus porcinos utilizando secuenciación metagenómica de hisopos nasales y rectales

Los resultados de este estudio sugieren que la secuenciación metagenómica es una herramienta poderosa para la caracterización y detección de virus.

Viernes 30 diciembre 2016 (hace 11 meses 18 días)

Los avances en la secuenciación del ADN han aumentado nuestra habilidad para generar grandes cantidades de información de secuencias a costos más bajos. Estos desarrollos han permitido la caracterización y la detección microbiana directamente de especímenes clínicos, conocida como secuenciación metagenómica.

Se realizó la secuenciación metagenómica viral en pools de cinco muestras nasales y fecales por procedencia (cuatro mataderos y una estación de compra de animales de desecho  del sureste de los Estados Unidos). Las secuencias se montaron de novo y se analizaron por medio de BLASTN para identificar los virus presentes en ellas.

Se identificaron veintisiete virus diferentes. Se identificaron lecturas semejantes a una familia diversa de virus de DNA circular de cadena simple casi en cada muestra (47 de 50). Otros virus identificados en los cinco sitios de muestreo y en más de la mitad de las muestras fueron bocavirus, torovirus, posavirus, virus torque teno, virus IAS, picobirnavirus, y teschovirus. Los virus identificados en varios de los sitios en más del 20% de las muestras incluyeron enterovirus, parvovirus, virus de la influenza A, sapelovirus y Senecavirus A. Otros virus porcinos significativos detectados con menor frecuencia incluyeron circovirus porcino tipo 2, virus de la diarrea epidémica porcina y deltacoronavirus porcino.

En conjunto, estos resultados sugieren que la secuenciación metagenómica es una herramienta poderosa para la caracterización y detección de virus.

Hause BM, Duff JW, Scheidt A, et al. Virus detection using metagenomic sequencing of swine nasal and rectal swabs. J Swine Health Prod. 2016;24(6):304–308.

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