0
¿Cómo se clasifican los virus de la PPA?
El virus de la peste porcina africana (VPPA) se ha clasificado en diversos genotipos, en función de la secuencia del gen B646L, que codifica para la proteína p72, componente mayoritario del virus. En función de dicha secuencia, se han descrito hasta 24 genotipos distintos, circulando en el continente africano.
Fuera de África solo se ha declarado la circulación de:
- Genotipo I: circulando actualmente en Asia, y responsable de la pandemia originada en los años 60s.
- Genotipo II: el mayoritario en la actual pandemia, iniciada en Georgia el año 2007.
El laboratorio de referencia europeo propuso la clasificación por grupos genéticos dentro del genotipo II en base a las diferencias en las secuencias de seis regiones variables del genoma del virus.
| CVR | IGR I73R/I329L | O174L |
| K145R | IGR MGF505 9R/10R | IGR I329L-I215L |
En base a las diferencias halladas en estas regiones, se habían descrito un total de 28 grupos genéticos, siendo el grupo genético #1 el representado por la cepa Georgia2007.
La nomenclatura propuesta para la cepa hallada en Barcelona es SP25WB2611 abreviada Sp25.
La cepa hallada en Barcelona (Sp25), es distinta de las conocidas hasta ahora y por eso se ha clasificado en un grupo genético nuevo, el #29.
Hay grupos genéticos que sólo se han aislado de cerdo doméstico, otros sólo en jabalí y otros en ambos animales. Existen grupos genéticos, como el #3 o del #19, que se encuentran en diferentes países, pero la mayoría solo se han detectado en una zona geográfica concreta. Asimismo, hay áreas donde lo que circula más de un grupo genético, como, por ejemplo, en la Federación Rusa (#1, #2, #3, #4 y #7) o Rumanía (#3, #7, #19, #21, #22, y #24).
El genoma de la cepa Sp25 presenta una deleción grande, de aproximadamente 10Kb, en el extremo izquierdo del genoma y, además, un total de 27 SNPs (mutaciones puntuales que producen cambios de un nucleótido en la secuencia del virus, del inglés Single Nucleotide Polymorphisms) respecto de la cepa Georgia 2007.
¿Cómo están distribuidas a nivel temporal y espacial las secuencias disponibles en el Genebank con las que se comparan las nuevas cepas?
Pese a que se han aislado muchas cepas desde 2007 del VPPA en Europa, el número de secuencias obtenidas es comparativamente muy bajo.
El conocimiento sobre la distribución geográfica de los grupos genéticos depende del número de muestras que se secuencian y se publican en cada país. En muchos países afectados por la PPA, no se secuencian y/o publican los resultados.
Los análisis de la secuencia de la cepa Sp25 llevados a cabo en el IRB y BSC, Barcelona, muestran su proximidad filogenética respecto de cepas aisladas de brotes en países europeos acaecidos tras la introducción de Georgia 2007 en el continente (Figura 1). La cepa Sp25 aparece en un linaje que diverge muy tempranamente y, por tanto, es muy diferente de las que causan los brotes más recientes en el centro y oeste de Europa. Como muestra el árbol, esta secuencia muestra una mayor cercanía con virus detectados en Rusia en 2019 que con las cepas aisladas en el centro y oeste de Europa, pero aún así sigue siendo muy diferente a cualquier cepa de la que se ha obtenido el genoma completo, incluido las aisladas de Rusia, con las que difiere en la mencionada deleción y en más de 20 SNPs.
Se dice que el virus de la PPA es un virus ADN muy grande y muy estable. ¿Cuántos cambios debe tener un aislado de PPA para que se considere que es una cepa distinta?
En el marco del VPPA en Europa, el Laboratorio de Referencia Europeo considera que un aislado viral constituye una cepa distinta del resto cuándo se clasifica como un nuevo grupo genético.
El número de SNPs que detectamos nos permite ver el distanciamiento temporal de una cepa respecto de la cepa “original” Georgia2007. El VPPA es un virus de ADN bicatenario y, por tanto, un virus muy estable. Dada la baja tasa de mutación del virus, los distintos SNPs que presenta Sp25, deben haberse acumulado durante un periodo prolongado desde su divergencia de Georgia 2007. Según las últimas estimaciones este periodo podría ser en torno a los 10-15 años de divergencia evolutiva (estimación realizada por el Dr. Toni Gabaldón, IRB).
Si es un virus tan estable, ¿se puede producir de manera natural la deleción de 10000 pares de bases que se observa en la cepa del brote de Barcelona?
La propia dinámica evolutiva natural del virus genera este tipo de deleciones genéticas. Dentro del genotipo II, ya se habían descrito deleciones en la misma región con diferente extensión y afectación de genes, tanto en África (Ambagala y col., 2023), como en Europa (Zani y col., 2018; Torresi y col., 2025).
Esta deleción es usada en algunos candidatos vacunales. ¿quiere decir que no se puede dar de manera natural?
Este tipo de deleciones en el genoma del VPPA se dan de manera natural y también pueden generarse en laboratorio para crear algunos candidatos vacunales. Cabe destacar que hoy en día, durante el protocolo de desarrollo de un candidato vacunal en laboratorio, en la mayoría de los casos se incluye en el genoma del virus un marcador exógeno (por motivos técnicos) que permite diferenciarlo de la cepa original. Por lo tanto, los candidatos vacunales son fácilmente identificables mediante secuenciación. La cepa Sp25 no presenta ningún tipo de marcador exógeno. Además, la mayoría de los candidatos vacunales se generan a partir de un pequeño grupo de cepas de laboratorio muy similares entre si y al primer aislado del actual brote, Georgia2007.
¿Es frecuente la recombinación entre distintas cepas de PPA?
Para que estas recombinaciones tengan lugar una célula del huésped se ha de infectar de forma simultánea con dos cepas distintas. No es un fenómeno tan habitual como sucede en virus RNA con genoma fragmentado (como es el caso del virus de la gripe) pero sí ocurre con el VPPA. En China han sido reportadas recombinaciones entre los genotipos I y II (Zhao y col., 2023) y que el mismo virus recombinante se ha diseminado a otros países (Rusia y Vietnam). Lógicamente, cuantas más cepas distintas estén circulando en una misma área, mayor es la posibilidad que dichas recombinaciones se produzcan. El patrón de mutaciones detectadas en la cepa de Collserola está distribuido a lo largo de todo el genoma, y no en una región limitada, haciendo improbable un origen por recombinación.
Se habla mucho de que la cepa detectada en Barcelona no es muy virulenta. ¿Es realmente así?
La deleción identificada en la cepa Sp25 podría estar asociada a una menor virulencia, como se ha demostrado en otras cepas con deleciones afectando está región. No obstante, hay ejemplos de cepas muy virulentas con deleciones similares, y por tanto no es concluyente. La virulencia de la cepa Sp25 solo se podrá valorar cuando se realice una infección experimental en cerdos o jabalíes, bajo condiciones controladas.
La única certeza que tenemos ahora mismo es que es una cepa letal en jabalíes y que el patrón de enfermedad observado es comparable al descrito en otros brotes europeos causados por cepas clasificadas como de elevada virulencia.
En la figura 2 podemos observar una reconstrucción temporal de los casos de jabalíes en el presente brote de PPA, teniendo en cuenta que la fecha de hallazgo del cadáver no suele coincidir con la fecha de la muerte del animal. En cada caso, se presenta un intervalo temporal plausible de la muerte del jabalí, estimado a partir del estado de conservación del cadáver. Así, pese a que la fecha exacta de las primeras muertes no se puede determinar con precisión, los intervalos estimados en el caso de los primeros cadáveres nos indican que la mortalidad asociada al brote se inició meses antes de la detección del primer caso, probablemente, alrededor del mes de septiembre. Así, el VPPA circuló sin ser detectado durante un periodo inicial, factiblemente de manera baja pero sostenida hasta que fue detectada. La fase inicial del brote, de progresión lenta, corresponde a la introducción y establecimiento del VPPA en la población de jabalíes, seguida de una fase epidémica en la que se observa un cambio en la pendiente de la curva. Cabe destacar, que esta evolución del brote no dista mucho de la observada en brotes recientes en Europa.
