Caracterização genética do vírus da PSA - Relatório inicial sobre o surto de PSA na Espanha

O DNA do vírus atua como uma impressão digital, e a comparação da sequência do surto da doença com genomas de referência internacionais é utilizada para tentar estabelecer relações genéticas entre os focos.

Para classificá-lo, foi aplicado o esquema harmonizado de caracterização molecular desenvolvido pelo Laboratório de Referência da União Europeia para a PSA (EURL-PSA, CISA-INIA/CSIC), que combina uma abordagem multigênica com o sequenciamento completo do genoma.

Características do virus da PSA

O VPSA é um vírus:

• De DNA de fita dupla.
• Excepcionalmente grande e complexo, com aproximadamente:
  • 170.000–194.000 nucleotídeos.
  • ± 170 genes, dependendo do isolado viral.
• Apresenta elevada conservação genética, especialmente na região central do genoma.

Como são classificados os vírus da PSA?

Nível 1. Classificação genotípica global do vírus da PSA

O vírus da PSA tem sido tradicionalmente classificado utilizando a sequência de um gene chamado B646L, que codifica a proteína estrutural p72. Com base nas diferenças nesse gene, podemos estabelecer um primeiro nível para classificar os vírus, o que permitiu identificar 24 genótipos em nível mundial.

Apesar dessa diversidade global, desde sua introdução na Geórgia, em 2007, procedente do leste da África, o genótipo II tem sido o principal impulsionador da atual pandemia de PSA em nível mundial, afetando numerosos países da Europa, Ásia e Oceania e chegando, em 2022, à República Dominicana e ao Haiti, nas Américas.

Atualmente, o genótipo II é o único que circula na Europa, tanto em populações de javalis como em suínos domésticos.

Os vírus pertencentes ao genótipo II são extremamente semelhantes geneticamente entre si. Por isso, esse primeiro nível de classificação é insuficiente para diferenciar vírus estreitamente relacionados e para investigar a origem e a relação entre surtos em escala regional ou local.

Nível 2. Abordagem multigênica para a diferenciação intragenotípica do VPSA

Para superar a limitação representada pela grande semelhança genética entre os diferentes vírus pertencentes ao genótipo II, foi desenvolvida uma abordagem multigênica baseada no sequenciamento de seis regiões adicionais do genoma viral:

• A região intergênica, IGR, na sigla em inglês, entre os genes I73R e I329L.
• A região central variável, CVR, do gene B602L.
• O gene O174L.
• O gene K145R.
• A região intergênica entre os genes 9R/10R da família multigênica 505, MGF, multigene family.
• A região denominada ECO2, localizada entre os genes I329L e I215L.

Essa abordagem permite analisar conjuntamente variantes genéticas presentes em diferentes regiões do genoma, incluindo sequências repetidas em tandem (SRT) e mutações pontuais (SNPs — single nucleotide polymorphisms), proporcionando uma resolução significativamente superior à obtida por meio de marcadores individuais.

A combinação específica das variantes detectadas em cada uma dessas regiões define uma assinatura genética característica para cada vírus.

Com base nisso, foram definidos até 28 subgrupos genéticos dentro do genótipo II atualmente circulante na Europa. O subgrupo genético 1 corresponde ao perfil basal do genótipo II e está associado à cepa de referência do VPSA Georgia 2007/1.

Essa classificação possui finalidade estritamente epidemiológica, voltada à rastreabilidade molecular e à análise das rotas de dispersão do vírus, e não implica diferenças conhecidas de virulência, transmissibilidade ou apresentação clínica.

O vírus detectado em javalis na região de Collserola, próxima a Barcelona, apresentou diferenças genéticas em relação aos vírus descritos anteriormente. Devido a essas diferenças, foi classificado dentro de um novo grupo genético: o grupo 29 dentro do genótipo II, conforme a Tabela 1.

Tabela 1. Subgrupos genéticos do genótipo II do VPSA definidos por meio da abordagem multigênica: perfil genético.

O isolado espanhol apresenta um perfil genético estreitamente relacionado ao perfil basal do genótipo II, Georgia 2007, coincidindo em cinco das seis regiões analisadas e diferenciando-se em uma. Na região intergênica MGF505-9R/10R, foi detectada uma mutação, G→A, não descrita anteriormente entre os 1.186 vírus do genótipo II disponíveis no banco de dados do EURL-PSA nem nos bancos de dados internacionais.

Avaliação da cobertura genética do VPSA do genótipo II na Europa

A comparação com outros surtos exige a disponibilidade de informações genéticas atualizadas e representativas dos vírus que estão circulando na Europa.

Os países foram categorizados em função da cobertura genética disponível no banco de dados de sequências do Laboratório de Referência da União Europeia para a PSA e dos dados oficiais de notificação de surtos em suínos domésticos e javalis.

Essa classificação evidencia a existência de lacunas geográficas e temporais relevantes nas informações genéticas disponíveis na Europa.

Tabela 3. Número de isolados do vírus da peste suína africana do genótipo II e percentual correspondente, calculado sobre um total de 1.187 sequências para as quais estão disponíveis informações completas das seis regiões genômicas.

Nível 3. Sequenciamento completo do genoma do vírus detectado na Espanha

Foi realizado o sequenciamento completo do genoma do isolado espanhol com o objetivo de obter o nível máximo de resolução genética.

A nomenclatura proposta para a cepa encontrada em Barcelona é SP25WB2611, e a sequência está disponível no GenBank neste link.

A análise revelou que o isolado apresenta:

• Comprimento total de 180.757 nucleotídeos.
• Redução aproximada de 9,8 kb devido a uma deleção de grande tamanho. Essa deleção implica a perda completa de 21 genes, com destaque para genes das famílias multigênicas, MGF. Em particular, vários genes das famílias:
  • MGF110: MGF110-7L, -8L, 9L, -10L/14L, -12L, -13La e -13Lb.
  • MGF360: MGF360-4L e MGF360-6L.
  • GF100: MGF100-1R.

Deleções nessa região, embora não idênticas em extensão nem em conteúdo gênico, foram descritas tanto na Europa quanto na África, o que indica que esse tipo de reorganização estrutural faz parte da dinâmica evolutiva natural do vírus.

Fora da região deletada, o isolado espanhol apresenta elevada estabilidade genética em comparação com a cepa de referência do genótipo II Georgia 2007/1. A análise comparativa revelou:

• Identidade nucleotídica superior a 99,9% em todas as regiões compartilhadas entre os dois genomas.
• Em comparação com Georgia 2007/1, foram identificadas:
  • 18 mutações pontuais, SNPs.
  • 13 inserções e deleções curtas, INDELs, de menos de cinco nucleotídeos.
• Destaca-se uma deleção de cinco nucleotídeos localizada em um gene da família MGF505, não identificada em nenhum dos isolados disponíveis nos bancos de dados públicos.

Cenários sobre a origem do vírus

Até o momento, não foi possível estabelecer diretamente uma origem geográfica ou epidemiológica concreta para o surto. A presença de uma assinatura genética única no isolado espanhol permite descartar sua relação com as sequências do genótipo II atualmente disponíveis nos bancos de dados públicos.

Liberação acidental a partir de um laboratório de pesquisa

Para avaliar a hipótese de uma possível liberação acidental a partir de um laboratório de pesquisa, foram analisadas, no laboratório nacional de referência, 81 amostras provenientes de vírus utilizados em atividades experimentais no CReSA-IRTA. Nenhuma delas apresentou os marcadores genéticos específicos, SNPs, identificados no vírus espanhol causador do surto.

Os resultados obtidos não mostraram nenhuma coincidência genética entre o isolado espanhol e os vírus utilizados em atividades experimentais no CReSA-IRTA, nem no nível de marcadores parciais nem em escala de genoma completo.

Introdução a partir de focos europeus ativos por meio de transmissão natural ou progressiva

Essa hipótese não é considerada provável, pois o foco europeu ativo mais próximo no momento da detecção, localizado na Itália, estava a uma distância superior a 500–600 km, e os países situados entre os dois locais possuem programas robustos de monitoramento da PSA. Além disso, o perfil genético do vírus detectado na Espanha não apresentou relação estreita com os vírus italianos.

Introdução deliberada

Em um suposto cenário de introdução deliberada, seria pouco coerente utilizar uma cepa como a do isolado espanhol, com uma grande deleção e comportamento biológico incerto, o que reduz sua previsibilidade em termos de transmissão e patogenicidade. As introduções deliberadas costumam estar associadas a cepas bem caracterizadas e com comportamento epidemiológico conhecido.

Introdução a longa distância mediada por atividades humanas

Essa via constitui o mecanismo mais comum de dispersão do VPSA a grandes distâncias e está amplamente documentada na epidemiologia da doença. Esse cenário é compatível com diversos elementos epidemiológicos observados no surto detectado na Catalunha:

• Aparecimento isolado do foco.
• Ausência de focos intermediários nos países vizinhos.
• Localização do surto em um ambiente altamente conectado, com elevada mobilidade humana e uma densa rede de infraestruturas rodoviárias e ferroviárias.
• Divergência genética em relação às linhagens dominantes na Europa, incluindo as mais próximas, o que sugere uma introdução não vinculada à expansão geográfica conhecida.

A área afetada apresenta elementos adicionais que aumentam a plausibilidade de uma introdução por meio de resíduos. Os surtos foram localizados em um ambiente no qual os núcleos urbanos estão inseridos em uma matriz florestal e agrícola, há presença estável de populações de javalis sem barreiras físicas relevantes e com acesso a contêineres domésticos, áreas de piquenique, parques muito frequentados, áreas periurbanas e infraestruturas rodoviárias e ferroviárias.

Relatório elaborado pelo COMITÊ CIENTÍFICO PARA O ASSESSORAMENTO RELACIONADO AO SURTO DE PESTE SUÍNA AFRICANA NA ESPANHA.

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Maria del Carmen Gallardo Frontaura
Marta Martínez Avilés
Christian Gortázar Schmidt
Carlos Sánchez García-Abad
Antonio Palomo Yagüe
Daniel Babot Gaspa
Jesús Salas Calvo
Emilio García Muro
Ana Rodríguez Castaño

Este relatório preliminar refere-se às informações conhecidas até 31.01.2026.