Caracterização genética do vírus da PSA: relatório inicial em relação ao foco de PSA em Espanha

O ADN do vírus funciona como uma impressão digital, e a comparação da sequência do foco da doença com genomas de referência internacionais é utilizada para tentar estabelecer relações genéticas entre os focos.

Para o classificar, foi aplicado o esquema harmonizado de caracterização molecular desenvolvido pelo Laboratório de Referência da União Europeia para a Peste Suína Africana (EURL-PPA, CISA-INIA/CSIC), que combina uma abordagem multigénica com a sequenciação do genoma completo.

Características do vírus da PSA

O PSAv é um vírus:

• ADN de cadeia dupla
• Excecionalmente grande e complexo, com aproximadamente:
  • 170.000-194.000 nucleótidos
  • ± 170 genes, dependendo do isolado viral
• Mostra uma elevada conservação genética, especialmente na região central do genoma

Como são classificados os vírus da PSA?

Nível 1. Classificação genotipica global do vírus da PSA

O vírus da PSA tem sido tradicionalmente classificado com base na sequência de um gene denominado B646L, que codifica a proteína estrutural p72. A partir das diferenças neste gene, pode ser estabelecido um primeiro nível de classificação dos vírus, o que permitiu identificar 24 genótipos em todo o mundo.

Apesar desta diversidade global, desde a sua introdução na Geórgia em 2007, proveniente da África Oriental, o genótipo II tem sido o principal responsável pela atual pandemia global de PSA, afetando vários países da Europa, Ásia e Oceânia, e chegando à República Dominicana e ao Haiti, nas Américas, em 2022.

Atualmente, o genótipo II é o único que circula na Europa, tanto em populações de javalis como de porcos domésticos.

Os vírus do genótipo II são extremamente semelhantes geneticamente entre si, pelo que este primeiro nível de classificação é insuficiente para discriminar entre vírus estreitamente relacionados e para investigar a origem e a relação entre focos à escala regional ou local.

Nível 2. Abordagem multigénica para a diferenciação intragenotípica do PSAv

Para ultrapassar a limitação imposta pela elevada semelhança genética dos diferentes vírus pertencentes ao genótipo II, foi desenvolvida uma abordagem multigénica baseada na sequenciação de 6 regiões adicionais do genoma viral.

• A região intergénica (IGR) entre os genes I73R e I329L
• A região variável central (CVR) do gene B602L
• Gene O174L
• Gene K145R
• A região intergénica entre os genes 9R/10R da família multigénica 505 (MGF)
• A região designada ECO2, localizada entre os genes I329L e I215L

Esta abordagem permite a análise conjunta de variantes genéticas presentes em diferentes regiões do genoma, incluindo sequências repetidas em tandem (SRTs) e mutações pontuais (SNPs – polimorfismos de nucleótidos únicos), proporcionando uma resolução significativamente superior à obtida com a utilização de marcadores individuais.

A combinação específica de variantes detetadas em cada uma destas regiões define uma assinatura genética característica para cada vírus.

Com base nisto, foram definidos até 28 subgrupos genéticos dentro do genótipo II atualmente em circulação na Europa. O subgrupo genético 1 corresponde ao perfil basal do genótipo II e está associado à estirpe de referência do PSAv Georgia 2007/1.

Esta classificação tem um propósito estritamente epidemiológico, visando a rastreabilidade molecular e a análise das rotas de dispersão do vírus, e não implica quaisquer diferenças conhecidas na virulência, transmissibilidade ou apresentação clínica.

O vírus detetado em javalis na região de Collserola, perto de Barcelona, ​​apresentou diferenças genéticas em comparação com os vírus acima descritos. Devido a estas diferenças, foi classificado num novo grupo genético: grupo 29 dentro do genótipo II (Tabela 1).

Tabela 1. Subgrupos genéticos do genótipo II do PSAv definidos através de abordagem multigénica: perfil genético.

O isolado espanhol apresenta um perfil genético muito semelhante ao perfil basal do genótipo II (Geórgia 2007), coincidindo em cinco das seis regiões analisadas e diferindo numa. Na região intergénica MGF505-9R/10R foi detetada uma mutação (G→A) que não tinha sido anteriormente descrita entre os 1.186 vírus do genótipo II disponíveis na base de dados EURL-PPA ou em bases de dados internacionais.

Avaliação da cobertura genética do PSAv do genótipo II na Europa

A comparação com outros focos exige o acesso a informação genética atualizada e representativa sobre os vírus que circulam na Europa.

Os países foram categorizados com base na cobertura genética disponível na base de dados de sequências do Laboratório de Referência da União Europeia para a PSA e nos dados oficiais de notificação de focos em porcos domésticos e javalis.

Esta classificação realça a existência de lacunas geográficas e temporais relevantes na informação genética disponível na Europa.

Tabela 3: Número de isolados do vírus da PSA do genótipo II e respetiva percentagem, calculados com base num total de 1.187 sequências para as quais existe informação completa disponível para todas as seis regiões genómicas.

Nivel 3. Sequenciação completa do genoma do virus detetado em Espanha

O genoma completo do isolado espanhol foi sequenciado com o objetivo de obter o mais alto nível de resolução genética.

A nomenclatura proposta para a estirpe encontrada em Barcelona é SP25WB2611 e a sequência está disponível em GenBank neste link

A análise revelou que o isolado apresenta:

• um comprimento total de 180.757 nucleótidos
  uma redução aproximada de 9,8 kb devido a uma grande deleção. Esta deleção envolve a perda completa de 21 genes, nomeadamente genes de famílias multigénicas (MGFs). Em particular, vários genes das seguintes famílias:
  • MGF110 (MGF110-7L, -8L, 9L, -10L/14L, -12L, -13La e -13Lb)
  • MGF360 (MGF360-4L e MGF360-6L)
  • GF100 (MGF100-1R)

Deleções nesta região, embora não idênticas em extensão ou conteúdo genético, foram descritas tanto na Europa como em África, indicando que este tipo de rearranjo estrutural faz parte da dinâmica evolutiva natural do vírus.

Fora da região deletada, o isolado espanhol apresenta uma elevada estabilidade genética em comparação com a estirpe de referência do genótipo II Georgia 2007/1. A análise comparativa revelou:

• uma identidade de nucleótidos superior a 99,9% em todas as regiões partilhadas entre os dois genomas;

• em comparação com a amostra Georgia 2007/1, foram identificadas as seguintes alterações:

  • 18 mutações pontuais únicas (SNPs);

  • 13 pequenas inserções e deleções (INDELs) de menos de 5 nucleótidos;

• uma deleção de 5 nucleótidos localizada num gene da família MGF505, esta deleção não foi identificada em nenhum dos isolados disponíveis nas bases de dados públicas.

Cenários sobre a origem do vírus

Até à data, não foi possível estabelecer diretamente uma origem geográfica ou epidemiológica específica para o foco. A presença de uma assinatura genética única no isolado espanhol permite descartar a sua relação com as sequências do genótipo II atualmente disponíveis nas bases de dados públicas.

Liberação acidental a partir de um laboratório de investigação

Para avaliar a hipótese de uma possível libertação acidental de um laboratório de investigação, foram analisadas 81 amostras de vírus utilizadas em atividades experimentais no CReSA-IRTA no laboratório nacional de referência. Nenhuma delas apresentou os marcadores genéticos específicos (SNPs) identificados no vírus espanhol que causou o surto.

Os resultados obtidos não mostraram qualquer correspondência genética entre o isolado espanhol e os vírus utilizados nas actividades experimentais do CReSA-IRTA, nem ao nível dos marcadores parciais nem à escala do genoma completo.

Introdução a partir de focos ativos europeos através de transmissão natural ou progressiva

Isto não é considerado provável, dado que o foco ativo mais próximo na Europa, no momento da deteção (Itália), está localizado a mais de 500-600 km de distância, e os países entre eles têm programas robustos de monitorização da PSA. Além disso, o perfil genético do vírus detetado em Espanha não apresentou uma relação próxima com os vírus italianos.

Introdução deliberada

Num cenário hipotético de introdução deliberada, é incoerente utilizar uma estirpe como o isolado espanhol, que apresenta uma elevada taxa de deleção e um comportamento biológico incerto, reduzindo a sua previsibilidade em termos de transmissão e patogenicidade. As introduções deliberadas estão geralmente associadas a estirpes bem caracterizadas com comportamento epidemiológico conhecido.

Introdução a longa distância mediada por atividades humanas

Esta via é o mecanismo mais comum de disseminação da PSA a longas distâncias e está amplamente documentada na epidemiologia da doença. Este cenário é consistente com vários elementos epidemiológicos observados no surto detetado na Catalunha:

• aparecimento isolado do foco;
• ausência de focos intermédios em países vizinhos;
• localização do surto num ambiente altamente intereligado, com grande mobilidade humana e uma densa rede de infraestruturas rodoviárias e ferroviárias;
• divergência genética em relação às linhagens dominantes na Europa, incluindo as mais próximas, sugerindo uma introdução não relacionada com a expansão geográfica conhecida.

A área afetada acrescenta elementos que aumentam a plausibilidade da introdução através de resíduos. Os focos ocorreram num ambiente onde os centros urbanos estão inseridos em áreas florestais e agrícolas, existe uma presença estável de populações de javalis sem barreiras físicas significativas, e estes têm acesso a contentores de lixo doméstico, áreas de piquenique, parques movimentados, zonas periurbanas e infraestruturas rodoviárias e ferroviárias.

Relatório realizado pelo COMITÉ CIENTÍFICO PARA EL ASESORAMIENTO EN RELACIÓN CON EL BROTE DE PESTE PORCINA AFRICANA EN ESPAÑA.

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Maria del Carmen Gallardo Frontaura
Marta Martínez Avilés
Christian Gortázar Schmidt
Carlos Sánchez García-Abad
Antonio Palomo Yagüe
Daniel Babot Gaspa
Jesús Salas Calvo
Emilio García Muro
Ana Rodríguez Castaño

Este relatório preliminar refere-se a matérias conhecidas até 31.01.2026