0
W kontekście pandemii COVID-19 liczne badania koncentrowały się na identyfikacji gatunków zwierząt, które mogą stanowić potencjalny rezerwuar SARS-CoV-2. Świnie są gatunkiem hodowanym na całym świecie w produkcji żywności i wykazano już, że są podatne na sześć swoistych dla nich koronawirusów.
Cel: W niniejszym badaniu, realizowanym w ramach działań badawczych szerszego projektu europejskiego, przeprowadzono badanie przekrojowe oraz podłużne na łącznie 18 fermach trzody chlewnej w północno-wschodnich Włoszech w celu oceny epidemiologii swoistych i nowych koronawirusów w populacji świń.
Metody: Wykrywanie poszczególnych gatunków wirusów przeprowadzono przy użyciu protokołu „nested-RT-PCR pan-CoV” ukierunkowanego na gen RdRp, a następnie wykonano sekwencjonowanie w celu identyfikacji gatunków wirusów oraz analizy filogenetycznej. Badanie epidemiologiczne miało na celu ocenę zależności między częstością występowania a wybranymi czynnikami ryzyka na poziomie fermy (czynniki strukturalne i zarządcze) oraz zwierząt; część analityczną przeprowadzono najpierw z wykorzystaniem analizy jednoczynnikowej, a następnie budując model wieloczynnikowy, z miejscem pobrania próbek (fermy) jako czynnikiem klasteryzującym.
Wyniki: Nie stwierdzono próbek dodatnich w kierunku SARS-CoV-2, co sugeruje, że świnie nie odgrywają istotnej roli epidemiologicznej w rozprzestrzenianiu się tego wirusa.
Choć ogólna częstość występowania była niska, wykryto dwa gatunki wirusów: PHEV (wirus hemaglutynującego zapalenia mózgu i rdzenia świń) oraz PRCOV (koronawirus oddechowy świń). W przypadku obu wirusów częstość występowania była powiązana z typem produkcji i wielkością fermy zarówno w analizie jednoczynnikowej, jak i w modelu wieloczynnikowym. Stwierdzono również sezonowość — szczyt przypadków latem dla PHEV oraz zimą dla PRCOV — jednak ze względu na niewielką liczbę badanych ferm konieczne są dalsze badania w celu potwierdzenia tych obserwacji.
Wnioski: Brak wyraźnych objawów klinicznych w momencie pobierania próbek oraz niska zmienność genetyczna krążących szczepów wykazana w analizie filogenetycznej mogą wskazywać, że oba wirusy występują w populacji w formie endemicznej.