Si bien MEB5S ofrece ventajas sanitarias y productivas, su implementación también conlleva retos importantes que deben ser considerados:

Pérdida de una semana por ciclo: Como el ciclo completo de la cerda es de 21 semanas (16 de gestación, 4 de lactación y 1 de destete y cubrición), cada rotación del MEB5S pierde una semana
Aumento de DNPs y ligera reducción de partos por cerda/año: Factores que afectan a la eficiencia productiva
Período de adaptación para el personal: La nueva organización del trabajo y los cambios en la rutina pueden generar confusión y frustración en los operari