Caractérisation génétique du virus de la PPA. Rapport préliminaire concernant l'épidémie de PPA en Espagne
L'ADN du virus fait office d'empreinte digitale ; on compare donc la séquence génomique de l'épidémie avec des génomes de référence internationaux afin d'essayer d'établir des liens génétiques entre les foyers.
Pour le classer, on a appliqué le schéma de caractérisation moléculaire harmonisé développé par le Laboratoire de référence de l'Union européenne pour la PPA (EURL-PPA, CISA-INIA/CSIC), qui combine une approche multigénique avec le séquençage complet du génome.
Caractéristiques du virus de la PPA
Le VPPA est un virus :
- à ADN double brin
- Exceptionnellement grand et complexe, avec environ :
- 170 000 à 194 000 nucléotides
- ± 170 gènes, selon l'isolat viral
- Il présente une conservation génétique élevée, en particulier dans la région centrale du génome
Comment classe-t-on les virus de la PPA ?
Niveau 1. Classification génotypique globale du virus de la PPA
Le virus de la PPA a traditionnellement été classé à partir de la séquence d’un gène appelé B646L, qui code pour la protéine structurelle p72. En se basant sur les différences observées dans ce gène, nous pouvons établir un premier niveaude classification des virus, ce qui a permis d’identifier 24 génotypes à l’échelle mondiale.
Malgré cette diversité mondiale, depuis son introduction en Géorgie en 2007, en provenance d'Afrique de l'Est, le génotype II a été le principal moteur de la pandémie actuelle de PPA à l'échelle mondiale, touchant de nombreux pays d'Europe, d'Asie et d'Océanie, et atteignant en 2022 la République dominicaine et Haïti en Amérique.
À l'heure actuelle, le génotype II est le seul à circuler en Europe, tant dans les populations de sangliers que chez les porcs domestiques.
Les virus du génotype II sont extrêmement similaires sur le plan génétique, ce qui rend ce premier niveau de classification insuffisant pour distinguer des virus étroitement apparentés et pour étudier l'origine et le lien entre les foyers à l'échelle régionale ou locale.
Niveau 2. Approche multigénique pour la différenciation intra-génotypique du VPPA
Afin de pallier la difficulté posée par la grande similitude génétique des différents virus appartenant au génotype II, une approche multigénique a été mise au point, fondée sur le séquençage de 6 régions supplémentaires du génome viral.
- La région intergénique (IGR) – entre les gènes I73R et I329L
- La région centrale variable (CVR) du gène B602L
- Le gène O174L
- Le gène K145R
- La région intergénique entre les gènes 9R/10R de la famille multigénique 505 (MGF multigene family)
- La région appelée ECO2, située entre les gènes I329L et I215L
Cette approche permet d'analyser conjointement des variants génétiques présents dans différentes régions du génome, y compris les séquences répétées en tandem (SRT) et les mutations ponctuelles (SNP – single nucleotide polymorphism), offrant une résolution nettement supérieure à celle obtenue à l'aide de marqueurs individuels.
La combinaison spécifique des variants détectés dans chacune de ces régions définit une signature génétique caractéristique pour chaque virus.
Sur cette base, jusqu’à 28 sous-groupes génétiques ont été définis au sein du génotype II actuellement en circulation en Europe. Le sous-groupe génétique 1 correspond au profil de base du génotype II et est associé à la souche de référence du VPPA Georgia 2007/1.
Cette classification a un objectif strictement épidémiologique, axé sur la traçabilité moléculaire et l'analyse des voies de propagation du virus, et n'implique aucune différence connue en termes de virulence, de transmissibilité ou de présentation clinique.
Le virus détecté chez des sangliers dans la région de Collserola, près de Barcelone, présentait des différences génétiques par rapport aux virus décrits précédemment. En raison de ces différences, il a été classé dans un nouveau groupe génétique : le groupe 29 au sein du génotype II (tableau 1).
Tableau 1. Sous-groupes génétiques du génotype II du VPPA définis par l'approche multigénique : profil génétique.
| Sous-grpupe | CVR | IGR I73R / I329L | O174L | K145R | IGR MGF 505 9R/10R | ECO2 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | I | I | I | I | I | I |
| 2 | I | I | I | I | II | I |
| 3 | I | II | I | I | I | I |
| 4 | I | I | I | I | III | I |
| 5 | II | II | I | I | I | I |
| 6 | I | II | II | II | I | I |
| 7 | I | II | I | II | I | I |
| 8 | I | II | I | II | II | I |
| 9 | I-SNP1 | II | I | I | I | I |
| 10 | I | I | II | II | I | I |
| 11 | I-SNP1 | II | I | II | I | I |
| 12 | I | II | I | I | II | I |
| 13 | I | III | II | II | I | I |
| 14 | I-SNP1 | II | I | I | I | I |
| 15 | I | II | I | I | V | I |
| 16 | I | II | I | I | IV | I |
| 17 | I | II | I | I | I-V1 | I |
| 18 | I | III | II | I | I | I |
| 19 | I | II | I | I | I | II |
| 20 | I | IV | I | II | I | I |
| 21 | I | II | II | I | I | I |
| 22 | I | II | II | I | I | II |
| 23 | I | II | I | I | VII | I |
| 24 | I | II | I | I | VI | I |
| 25 | I | II | I | II | VIII | I |
| 26 | I | II | I-SNP1 | I | I | I |
| 27 | I | II | I | II | V | I |
| 28 | I | II | I | I | IX | I |
| 29 | I | II | I | I | I-V2 | I |
L'isolat espagnol présente un profil génétique étroitement lié à celui de référence du génotype II (Géorgie 2007), avec des similitudes dans cinq des six régions analysées et une seule différence. Dans la région intergénique MGF505-9R/10R, une mutation (G→A) n'ayant jamais été décrite auparavant a été détectée parmi les 1 186 virus du génotype II disponibles dans la base de données de l'EURL-PPA ni dans les bases de données internationales.
Que signifient les variants ?Au sein de chaque région analysée, les variants sont nommés selon une nomenclature standardisée :
Nous pouvons ainsi différencier des virus similaires avec un haut niveau de détail, tout en assurant la cohérence entre les études. |
Évaluation de la couverture génétique du VPPA de génotype II en Europe
La comparaison avec d'autres foyers nécessite de disposer d'informations génétiques actualisées et représentatives des virus circulant en Europe.
Les pays ont été classés en fonction de la couverture génétique disponible dans la base de données de séquences du Laboratoire de référence de l'Union européenne pour la PPA et des données officielles de notification des foyers chez les porcs domestiques et les sangliers.
| Catégorie |
Année du dernier isolement génétiquement caractérisé |
Nombre total de virus séquencés disponibles |
Existence d'une circulation active du VPPA |
Déclaration officielle d'éradication, le cas échéant | Pays |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Jusqu'en 2025 |
Nombre représentatif |
Circulation active |
Estonie, Grèce, Croatie, Italie, Roumanie, Moldavie |
|
| 2 |
Données génétiques récentes (2023–2024) |
On dispose de séquences liées au dernier épisode épidémiologique |
Active ou pays dans lesquels la PPA a été éradiquée |
Belgique, Bulgarie, République tchèque, Allemagne, Lettonie, Slovaquie, Suède, Albanie, Bosnie-Herzégovine, Macédoine, Monténégro, Kosovo |
|
| 3 |
Données génétiques limitées (2021-2022) |
Circulation active | Lituanie, Pologne | ||
| 4 |
Absence de données génétiques au cours des cinq dernières années ou nombre très limité d'isolats disponibles |
Circulation active |
Hongrie, Serbie, Ukraine, Fédération de Russie, Arménie, Azerbaïdjan, Biélorussie, Géorgie |
||
Cette classification met en évidence l'existence de lacunes géographiques et temporelles importantes dans les données génétiques disponibles en Europe.
Tableau 3 : Nombre d'isolats du virus de la peste porcine africaine de génotype II et pourcentage correspondant, calculés sur un total de 1 187 séquences pour lesquelles des informations complètes sur les six régions génomiques sont disponibles.
| Groupe génétique |
Répartition géographique (année) |
Nº | % |
|---|---|---|---|
| 1 |
Géorgie (2007), Arménie (2007-2008), Azerbaïdjan (2008), Fédération de Russie (2009, 2012, 2019), Pologne (2022) |
11 | 0,9 |
| 2 |
Fédération de Russie (2012) |
1 | 0,1 |
| 3 |
Ukraine (2012, 2019), Biélorussie (2013), Lituanie (2014–2018, 2020–2022), Pologne (2014, 2018, 2021 –2022), Lettonie (2014–2015, 2017–2024), Estonie (2014–2025), République tchèque (2017–2018), Roumanie (2017–2019, 2021, 2023–2024), Moldavie (2017–2018, 2025), Hongrie (2018–2019), Belgique (2018), Slovaquie (2019–2020, 2022–2023), Italie (2022–2023), Fédération de Russie (2019) |
439 | 37,0 |
| 4 | Fédération de Russie (2012) | 1 | 0,1 |
| 5 | Estonie (2015–2016) | 7 | 0,6 |
| 6 |
Pologne (2016, 2019, 2021–2022), Allemagne (2020–2024), République tchèque (2022, 2024) |
154 | 13,0 |
| 7 |
Pologne (2016-2019, 2021), Lituanie (2017-2018, 2020-2022), Roumanie (2019), Lettonie (2021, 2023-2024), Fédération de Russie (2018) |
156 | 13,1 |
| 8 | Pologne (2016–2017) | 11 | 0,9 |
| 9 | Estonie (2017) | 10 | 0,8 |
| 10 | Pologne (2017) | 2 | 0,2 |
| 11 | Pologne (2017) | 1 | 0,1 |
| 12 | Lettonie (2017–2018, 2021–2024) | 29 | 2,4 |
| 13 | Pologne (2017) | 1 | 0,1 |
| 14 | Lituanie (2017), Lettonie (2023–2024) | 4 | 0,3 |
| 15 | Lituanie (2017) | 1 | 0,1 |
| 16 | Lituanie (2017–2018) | 5 | 0,4 |
| 17 | Lettonie (2017–2018) | 3 | 0,3 |
| 18 | Pologne (2018) | 1 | 0,1 |
| 19 |
Roumanie (2018, 2021, 2023–2025), Bulgarie (2018–2020, 2024), Serbie (2019–2020, 2022), Grèce (2020, 2024–2025), Macédoine du Nord (2022, 2024), Italie (2022–2023), Suède (2023), Croatie (2023–2025), Bosnie-Herzégovine (2023), Monténégro (2024), Albanie (2024), Kosovo (2024), Moldavie (2025) |
268 | 22,6 |
| 20 | Pologne (2018–2019, 2021–2022) | 23 | 1,9 |
| 21 |
Roumanie (2019), République tchèque (2024) |
8 | 0,7 |
| 22 | Roumanie (2019) | 12 | 1,0 |
| 23 | Lettonie (2020) | 1 | 0,1 |
| 24 | Roumanie (2021) | 1 | 0,1 |
| 25 | Italie (Lazio, 2023) | 12 | 1,0 |
| 26 | Italie (Piémont, 2023) | 4 | 0,3 |
| 27 | Pologne (2021–2022) | 15 | 1,3 |
| 28 | Estonie (2022–2024) | 5 | 0,4 |
| 29 | Espagne (2025) | 1 | 0,1 |
Niveau 3. Séquençage complet du génome du virus détecté en Espagne
Le génome de l'isolat espagnol a été entièrement séquencé afin d'obtenir le plus haut niveau de résolution génétique possible.
La nomenclature proposée pour la souche découverte à Barcelone est SP25WB2611 et la séquence est disponible sur GenBank via ce lien
L'analyse a révélé que l'isolat présente :
- une longueur totale de 180 757 nucléotides
- une réduction d'environ 9,8 kb due à une délétion de grande taille. Cette délétion implique la perte complète de 21 gènes, notamment des gènes des familles multigéniques (MGF). En particulier, plusieurs gènes des familles :
- MGF110 (MGF110-7L, -8L, 9L, -10L/14L, -12L, -13La et -13Lb)
- MGF360 (MGF360-4L et MGF360-6L)
- GF100 (MGF100-1R)
Des délétions dans cette région, bien que non identiques en termes d'étendue et de contenu génétique, ont été décrites tant en Europe qu'en Afrique, ce qui indique que ce type de réarrangements structurels fait partie de la dynamique évolutive naturelle du virus.
En dehors de la région délétée, l'isolat espagnol présente une grande stabilité génétique par rapport à la souche de référence du génotype II Georgia 2007/1. L'analyse comparative a révélé :
- Une identité nucléotidique supérieure à 99,9 % dans toutes les régions communes aux deux génomes.
- Par rapport à Georgia 2007/1, les éléments suivants ont été identifiés :
- 18 mutations ponctuelles (SNP).
- 13 insertions et délétions courtes (INDEL) de moins de 5 nucléotides.
- Il convient de souligner une délétion de 5 nucléotides localisée dans un gène de la famille MGF505, non identifiée dans aucun des isolats disponibles dans les bases de données publiques.
Scénarios concernant l'origine du virus
À ce jour, il n'a pas été possible d'établir directement une origine géographique ou épidémiologique précise de l'épidémie. La présence d'une signature génétique unique dans l'isolat espagnol permet d'écarter tout lien avec les séquences du génotype II actuellement disponibles dans les bases de données publiques.
Libération accidentelle à partir d'un laboratoire de recherche
Afin d'évaluer l'hypothèse d'une éventuelle libération accidentelle à partir d'un laboratoire de recherche, 81 échantillons provenant de virus utilisés dans le cadre d'activités expérimentales au CReSA-IRTA ont été analysés au laboratoire national de référence. Aucun d'entre eux ne présentait les marqueurs génétiques spécifiques (SNP) identifiés dans le virus espagnol à l'origine de l'épidémie.
Les résultats obtenus n'ont montré aucune concordance génétique entre l'isolat espagnol et les virus utilisés dans le cadre d'activités expérimentales au CReSA-IRTA, ni au niveau des marqueurs partiels ni à l'échelle du génome complet.
Introduction à partir de foyers actifs européens par transmission naturelle ou progressive
Cette hypothèse n'est pas jugée probable, car le foyer européen actif le plus proche au moment de la détection (l'Italie) se trouve à plus de 500–600 km, et les pays situés entre les deux disposent de programmes de surveillance rigoureux contre la PPA. De plus, le profil génétique du virus détecté en Espagne ne présentait pas de lien étroit avec les virus italiens.
Introduction délibérée
Dans un scénario hypothétique d'introduction délibérée, il semble peu cohérent d'utiliser une souche telle que celle de l'isolat espagnol, qui présente une délétion importante et un comportement biologique incertain, ce qui réduit sa prévisibilité en termes de transmission et de pathogénicité. Les introductions délibérées sont généralement associées à des souches bien caractérisées et dont le comportement épidémiologique est connu.
Introduction à longue distance due à l'activité humaine
Cette voie constitue le mécanisme le plus courant de dispersion du vPPA sur de longues distances et est largement documentée dans l'épidémiologie de la maladie. Ce scénario est compatible avec divers éléments épidémiologiques observés lors de l'épidémie détectée en Catalogne :
- Apparition isolée du foyer.
- Absence de foyers intermédiaires dans les pays voisins.
- Localisation du foyer dans un environnement très connecté, caractérisé par une forte mobilité humaine et un réseau dense d'infrastructures routières et ferroviaires.
- Divergence génétique par rapport aux lignées dominantes en Europe, y compris les plus proches, ce qui suggère une introduction non liée à l'expansion géographique connue.
La zone touchée présente des éléments qui renforcent la plausibilité d'une introduction par le biais de déchets. Les foyers ont été localisés dans un environnement où les agglomérations urbaines sont nichées au sein d'un milieu forestier et agricole, où l'on observe une présence stable de populations de sangliers sans barrières physiques significatives et ayant accès aux conteneurs ménagers, aux aires de pique-nique, aux parcs très fréquentés, aux zones périurbaines, ainsi qu'aux infrastructures routières et ferroviaires.
Rapport rédigé par le COMITÉ SCIENTIFIQUE CHARGÉ DE FOURNIR DES CONSEILS CONCERNANT L'ÉPIDÉMIE DE PESTE PORCINE AFRICAINE EN ESPAGNE.
Télécharger le rapport original au format PDF
Maria del Carmen Gallardo Frontaura
Marta Martínez Avilés
Christian Gortázar Schmidt
Carlos Sánchez García-Abad
Antonio Palomo Yagüe
Daniel Babot Gaspa
Jesús Salas Calvo
Emilio García Muro
Ana Rodríguez Castaño
Ce rapport préliminaire porte sur les informations disponibles au 31 janvier 2026.