Une épidémie, deux destins : comment la bio-contingence a accéléré la reprise d'un centre d'insémination

La surveillance interne du SDRP mise en place dans ce CIA repose sur :

• Taille de l'échantillon hebdomadaire : calculée pour obtenir un niveau de confiance de 95 % dans la détection pour une prévalence estimée à 2 %. Les échantillons sont prélevés répartis sur 3 jours par semaine.
• Type d'échantillon : sang prélevé dans un tube à partir de la veine saphène, cet échantillon étant considéré comme le plus sensible (voir l'article Détection du SDRP chez les verrats en fonction du type d'échantillons)
• Tests effectués : PCR SDRP

Introduction : quand le SDRP fait son apparition

Le 7 avril 2024, lors du suivi régulier du Centre, deux échantillons PCR positifs au virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (SDRPv) prélevés sur des verrats dans l'un des deux bâtiments ont déclenché la mise en œuvre immédiate du protocole d'urgence :

• Fermeture sanitaire du CIA
• Retrait de toutes les doses produites
• Contrôle des doses retirées par PCR, avec des résultats négatifs
• Mise en œuvre du plan d'urgence afin que les clients ne se retrouvent pas à court de doses

La possibilité de disposer d'un laboratoire opérationnel pendant la nuit a permis de faire avancer rapidement les analyses. Les résultats des tests effectués entre le 7 et le 8 avril sur 100 % des animaux ont confirmé les craintes : 11 des 261 verrats du bâtiment 2 étaient positifs au virus par PCR. En revanche, aucun des 267 animaux du bâtiment 1 ne présentait de résultats positifs.

Cette découverte a marqué un tournant : à partir de ce moment-là, une course contre la montre s'est engagée pour :

• Contenir l'épidémie en empêchant la contamination du bâtiment N1 par le bâtiment N2
• Préserver la génétique
• Relancer la production dès que possible

Sur le plan structurel, le bâtiment N1 est équipé d'une litière profonde et le bâtiment N2 d'un caillebotis intégral. Les deux bâtiments sont identiques et disposés en parallèle. La distance entre eux est de 10 mètres. Tous deux sont équipés d'une ventilation négative avec extraction à l'extrémité de chaque bâtiment et de systèmes de refroidissement au niveau des entrées d'air latérales, mais l'air n'est pas filtré.

Avant l'épidémie, le personnel de chaque bâtiment était indépendant, mais le flux d'entrée du personnel était commun à tous, avec une douche à l'entrée et à la sortie du centre et un accès au N1 ; ensuite, les travailleurs du N2 se rendaient dans leur bâtiment avec des vêtements et des chaussures de « transit », où, à l’entrée, ils prenaient une douche « sèche » complète (changement de vêtements et de chaussures) dans des vestiaires comportant une zone propre et une zone sale bien délimitées (figure 1).

Mesures d'urgence chirurgicales

Dès le premier jour, la priorité était claire : maintenir le N1 indemne du SDRP afin de reprendre la production au plus vite. Pour ce faire, des mesures différenciées et très précises ont été mises en œuvre :

Isolement immédiat et zonage interne

• La communication entre le N1 et le N2 a été complètement bloquée dès l'annonce du premier résultat positif.
• Des flux individuels et indépendants ont été mis en place pour le personnel, les tâches, les matériaux et les déchets. À partir du 8 avril, l'accès au N2 s'est fait par l'extérieur, avec une douche à l'entrée et à la sortie (figure 2).
• N2 a été vidé de ses animaux entre le 9 et le 12 avril, ce qui a nécessité un effort logistique conséquent.

Biosécurité structurelle et environnementale après le vidage du N2

• La ventilation de N2 a été coupée et celle de N1 réduite au minimum (figure 3).
• Il a été décidé de ne pas commencer immédiatement le nettoyage de N2 de manière traditionnelle (eau sous pression) afin d'éviter la formation d'aérosols susceptibles d'atteindre N1. On a commencé à retirer manuellement les matières organiques des caillebotis et à les déverser dans les fosses. Le bâtiment a été nettoyé manuellement pendant la première semaine de vide.
• Au cours des deuxième et troisième semaines suivant le vide, on a commencé à désinfecter sans lavage et sans pression. L'objectif était de réduire la charge virale dans l'environnement avant de décider d'utiliser un lavage à l'eau sous pression. Au cours de la troisième semaine, des échantillons environnementaux (38 écouvillons) ont été prélevés, en se concentrant sur les cases des mâles problématiques, et des PCR individuelles ont été réalisées sur les échantillons, avec des résultats négatifs.
• Au cours des quatrième et cinquième semaines suivant le vide, toutes les surfaces du N2 ont été brûlées à la flamme et, à la fin de la cinquième semaine, de nouveaux échantillons environnementaux (25 écouvillons) ont été prélevés, avec des résultats négatifs.

• Au cours de la 5e semaine, la vente de semence provenant du bâtiment N1 a été autorisée après deux prélèvements officiels effectués sur 100 % des mâles présents et des analyses hebdomadaires réalisées jusqu'à cette date sur 50 % des mâles présents, tous avec des résultats négatifs aux tests PCR et ELISA. Pendant que le nettoyage et la désinfection du bâtiment N2 se poursuivaient, tous les verrats prélevés dans le bâtiment N1 ont été analysés par PCR avant la sortie des doses.
• À la sixième semaine, le nettoyage en profondeur à l'eau sous pression a commencé.
• À la septième semaine, le bâtiment N2 étant propre et désinfecté, la période de vide sanitaire de celui-ci a commencé.

Gestion du nettoyage : bioconfinement

• Les conduites et les regards du bâtiment N2 ont été physiquement scellés afin d'empêcher la projection d'aérosols au moment de commencer le nettoyage et de devoir ouvrir les regards des fosses.
• Une armature en plastique a été installée sur les quatre ventilateurs d'extraction d'air du bâtiment N2 afin de dévier l'air sortant vers le sol, où de grands bacs contenant un désinfectant virucide ont été placés (photos 1 et 2).
• Dans le bâtiment N1, tous les points d'entrée d'air (avec refroidisseurs) du mur situé en face du bâtiment N2 ont été scellés avec du plastique afin d'empêcher l'entrée d'air et de particules (photo 3). Sur le mur opposé, par lequel l'air entrait dans le bâtiment N1, les systèmes de refroidissement ont été mis en marche, mais en ajoutant un désinfectant virucide à l'eau en circulation, qui était renouvelée tous les 4 jours.

Reprise des activités étape par étape

• Le 12 mai, l'ouverture du Centre (animaux du N1) a été officiellement autorisée.
• Le N2 est resté inactif jusqu'à son nettoyage et sa désinfection, la période de vide sanitaire, l'arrivée d'animaux sentinelles et la nouvelle arrivée d'animaux.

Semaine	BÂTIMENT 1	BÂTIMENT 2
0	7 avril 0 PCR+ 8 avril 0 PCR+ sur les 267 verrats	7 avril : 2 PCR+ 8 avril : 11 PCR+ sur les 261 verrats Confinement sanitaire, retrait et analyse de toutes les doses produites par PCR (résultats négatifs), mise en œuvre du plan d'urgence afin que les clients ne restent pas sans approvisionnement. 9-12 avril : vidage du bâtiment
1	Test officiel par PCR sur 100 % des mâles et test privé par PCR et ELISA sur 50 % d'entre eux, avec des résultats négatifs	Enlèvement manuel des matières organiques de la fosse
2	Test officiel réalisé sur 100 % des mâles par PCR Test privé réalisé sur 50 % des mâles par PCR et ELISA, avec des résultats négatifs	Désinfecter sans laver et sans pression afin d'éviter la formation d'aérosols
3	Test privé réalisé sur 50 % des mâles par PCR et ELISA, avec résultat négatif	Prélèvement de 38 échantillons environnementaux et analyse individuelle par PCR avec résultat négatif Objectif : prélever des échantillons dans les cases des mâles positifs.
4	Test privé réalisé sur 50 % des mâles par PCR et ELISA, avec un résultat négatif. 12 mai : La mise en vente de doses de N1 a été officiellement autorisée	Application de chaleur à la flamme sur toutes les surfaces Prélèvement de 25 échantillons environnementaux et analyse individuelle par PCR avec résultat négatif
5	Test privé réalisé sur 100 % des mâles, qui sont soumis à des tests PCR et ELISA avant la livraison des doses
6	Test privé réalisé sur 100 % des mâles, qui sont soumis à des tests PCR et ELISA avant la livraison des doses	Début du nettoyage en profondeur à l'eau sous pression
7		Début de la période de vide sanitaire
8
9		Programme de sentinelles : transfert de 12 verrats pour le passage de N1 à N2 Rotation dans 100 % des cases
10		PCR et ELISA négatifs chez les sentinelles
11		Remplissage du bâtiment

* toutes les analyses de sang.

Suivi hebdomadaire de la taille de l'échantillon pour un niveau de confiance de 95 % et une prévalence de 2 %, réparti sur 3 jours de prélèvement. Type d'échantillon : sang prélevé dans la veine saphène. Test : PCR.

La recherche : retracer le parcours invisible du virus

Une enquête épidémiologique approfondie a été menée, axée sur les jours précédant la détection du virus. Les entrées de personnel, les visites techniques, le transport d'animaux, l'enlèvement des cadavres et les déplacements internes ont été analysés, ainsi que les conditions météorologiques.

Plusieurs éléments sont apparus comme des maillons potentiels de l'introduction du virus :

• L'utilisation d'un nouveau tracteur (mis en service le 16 mars) pour transporter les cadavres dans les deux bâtiments jusqu'au point de collecte situé à 500 m à l'extérieur de l'enceinte, avec des erreurs possibles lors du passage entre les zones sales et grises de l'exploitation et l'accès au conteneur destiné aux cadavres.
• Des travaux de maintenance sur les systèmes de refroidissement les 19 et 26 mars, avec de multiples allées et venues du personnel dans les zones critiques.
• Les jours précédant la détection de l’infection, il y a eu des précipitations et une baisse des températures, ce qui aurait favorisé la persistance du virus dans l’environnement s’il avait été transporté à proximité de l'élevage

Malgré tous les efforts déployés, il n'a pas été possible de confirmer une source unique. La séquence génétique du virus isolé au CIA a été introduite dans GenBank et correspondait à des souches provenant d'une exploitation située dans une localité à 38 km, dans une zone à forte densité porcine.

Leçons tirées : mesures préventives pour l'avenir

Cette épidémie a mis en évidence des lacunes opérationnelles qui ont donné lieu à un plan global d'améliorations continues :

• Changement de méthode d'élimination des cadavres : le système traditionnel de collecte par une entreprise externe a été abandonné au profit d'un processus d'hydrolyse.
• Nouvelles caméras de vidéosurveillance : les images sont transmises en temps réel sur les appareils mobiles de l'équipe sanitaire, améliorant ainsi la traçabilité du trafic à l'extérieur des bâtiments et aux accès extérieurs.
• Réaménagement des accès : depuis l'épidémie, les deux bâtiments sont restés totalement indépendants pour l'entrée du personnel, du matériel, etc.
• Bureau vétérinaire sur place : le vétérinaire de la société mère est désormais physiquement présent au sein du GTC, ce qui améliore la supervision immédiate.

Conclusion : la maîtrise de la situation a été possible parce qu'il y avait un plan

Le cas de ce CIA démontre que, même face à une infection silencieuse et potentiellement dévastatrice comme le SDRP, la combinaison d'une réponse rapide, de mesures chirurgicales et d'une biosécurité adaptative peut faire toute la différence. La sensibilisation du personnel tout au long du processus de dépeuplement, de nettoyage, de désinfection, de repeuplement et de remise en service du centre a été déterminante.

Grâce à la préservation du N1, le CIA a considérablement réduit son temps d'arrêt et évité de compromettre la fourniture de génétique.

Dans un contexte de forte densité porcine, de mobilité constante et de virus hautement contagieux, les élevages doivent se préparer à l'imprévisible. Disposer d'un protocole d'urgence solide n'est pas une option, c'est l'assurance-vie de toute entreprise.