Frottis amygdaliens comme outil de contrôle des porteurs chroniques du virus du SDRP

L'élimination du virus du SDRP chez un animal infecté se fait par les sécrétions nasales, la salive, l'urine, les fèces, le sang, le lait et la semence, et la durée de la période d'excrétion varie en fonction du type de sécrétion, de l'âge de l'animal, de son état immunitaire et de la souche spécifique de SDRP. Le virus peut persister pendant de longues périodes dans les tissus lymphoïdes (jusqu'à 251 jours après l'infection dans les amygdales), même plusieurs mois après la disparition de la virémie.

Dans un programme de contrôle du SDRP, il est essentiel de sélectionner des types d'échantillons et des techniques d'échantillonnage permettant de détecter les animaux porteurs en phase finale d'excrétion, les échantillons de choix étant les tissus lymphoïdes et la salive.

Le développement de la technique d'échantillonnage des fluides buccaux a constitué une avancée importante pour augmenter la capacité de détection, en particulier dans les situations de faible prévalence et les phases finales de l'infection. Cependant, la présence d'inhibiteurs dans ce type d'échantillon nécessite une conservation optimale de l'échantillon avant la RT q-PCR. D'autre part, les Ct sont généralement élevés, ce qui limite l'obtention de la séquence virale.

La méthode de raclage des amygdales décrite il y a quelques années présentait une limitation importante : il fallait abraser l'amygdale pour obtenir un exsudat amygdalien, ce qui était réalisé à l'aide d'instruments tels que des cuillères, ce qui rendait son application pratique difficile chez les animaux vivants. En 2024, Peng Li (Université de l'Iowa) a publié une adaptation de la méthode de raclage vers une technique moins invasive, le tonsil scrubbing, ou frottis amygdalien, qui présente une plus grande capacité de détection du virus par rapport aux sérums de truies infectées.

Cette méthode a ensuite été évaluée dans plusieurs élevages d'Aragon et de Catalogne, en suivant le protocole décrit par Peng Li (2024), avec quelques modifications. Des cathéters d'insémination à embout en éponge ont également été utilisés, comme décrit par Peng Li, mais les variations suivantes ont été introduites :

• Il n'a pas été utilisé de gaze fixée à l'embout du cathéter.
• L'animal a été immobilisé pendant le prélèvement afin de faciliter la prise d'échantillon directement sur l'amygdale, ce qui aurait été difficile sur des animaux en mouvement.
• Les échantillons ont été récupérés dans des tubes Falcon pour être traités.

L'étude a été menée dans deux types d'élevages :

• un élevage d'engraissement avec des porcelets infectés naturellement pendant le PS ;
• des élevages de reproduction de futures reproductrices, préalablement infectées naturellement pendant la phase de PS, dans le but de détecter les porteurs chroniques et d'empêcher l'introduction du virus lors de leur transfert vers les élevages de production.

Dans le premier élevage, la case a été considérée comme une unité épidémiologique. Cinq animaux de chaque case ont été sélectionnés pour un prélèvement simultané d'échantillons sanguins et de frottis amygdaliens, ainsi qu'un échantillon de liquide buccal collectif.

L'objectif de l'étude était d'estimer la capacité de détection (absence ou présence) au niveau du groupe avec des pools sanguins, des frottis amygdaliens et des fluides salivaires.

Dans les deux autres élevages, des échantillons individuels de sérum, des frottis trachéobronchiques et des frottis amygdaliens ont été prélevés, et les résultats analytiques ont été comparés par animal.

Tous les échantillons ont été analysés par RT q-PCR, ceux présentant des valeurs Ct < 40 étant considérés comme positifs. De même, le degré de positivité (charge virale) de chaque type d'échantillon a été comparé.

Les résultats ont montré que les frottis amygdaliens ont permis de détecter une plus grande proportion de groupes positifs (100 %) au virus du SDRP que les échantillons de raclage oro-amygdalien prélevés à 140 jours de vie et par rapport aux résultats obtenus avec le sérum et les fluides salivaires (66,6 %). En outre, les frottis amygdaliens positifs présentaient une moyenne de Ct inférieure (30,7) par rapport au sérum (35,6) et aux fluides salivaires (35,5).

Taux de détection du SDRPv

Types d'échantillons	10 semaines	20 semaines
Sang	100 %	65,51 %
Fuide oral	100 %	65,51 %
Frottis amygdalien		100%

Valeur cT moyenne du SDRPv

Types d'échantillons	10 semaines	20 semaines
Suero	23,16	35,67
Fluide oral	27,00	37,00
Frottis amygdalien		30,67

Dans l'étude réalisée sur des animaux individuels infectés de manière chronique, la capacité de détection était plus élevée dans les frottis amygdaliens (61,5 %) que dans les sérums (7,7 %) et les raclages trachéobronchiques (30,8 %). La charge virale moyenne des échantillons positifs était plus élevée dans les frottis amygdaliens et les lavages trachéobronchiques (Ct 34,1 et 33,0 respectivement) que dans les quelques échantillons de sérum positifs (Ct 36,0).

Échantillon	Négatifs	Positifs	Ct moyen
Raclage trachéobronchique	50 (33,56%)	4 (30,77%)	33,50
Frotitis amygdalien	46 (30,87%)	8 (61,54%)	34,13
Sérum	53 (35,57%)	1 (7,69%)	36,00

Cette nouvelle technique d'échantillonnage pourrait constituer un outil utile pour mieux comprendre la dynamique de l'infection chez les truies infectées par des souches virulentes, compte tenu de l'excrétion virale prolongée qui peut être observée, en particulier à l'approche de la mise bas, et de son rôle potentiel dans la transmission du virus à leur descendance.

Dans un avenir proche, son utilité pourra être évaluée dans d'autres scénarios tels que l'adaptation des cochettes, l'élimination des animaux porteurs dans les programmes d'éradication, ainsi que sa capacité à détecter et à surveiller d'autres agents pathogènes tels que Mycoplasma hyopneumoniae ou le virus de la grippe porcine.