La reevaluación de los genotipos de la PPA revela la existencia de sólo seis grupos p72 distintos

Spinard E, Dinhobl M, Tesler N, Birtley H, Signore AV, Ambagala A, Masembe C, Borca MV, Gladue DP. A Re-Evaluation of African Swine Fever Genotypes Based on p72 Sequences Reveals the Existence of Only Six Distinct p72 Groups. Viruses. 2023; 15(11):2246. https://doi.org/10.3390/v15112246

18-abr-2024 (hace 3 meses 7 días)

El virus de la peste porcina africana (PPA) está causando actualmente una pandemia mundial altamente letal en cerdos domésticos y jabalíes. Por el momento, en Vietnam se comercializan vacunas recombinantes vivas atenuadas basadas en una cepa del genotipo II del virus. Con 25 genotipos del virus de la PPA descritos en la bibliografía, es importante entender la base molecular y la utilidad del genotipado del virus de la PPA, así como la verdadera importancia de los genotipos en la epidemiología, transmisión, evolución, control y prevención del virus de la PPA. Históricamente, el genotipado del virus de la PPA se utilizaba para el seguimiento epidemiológico de la enfermedad y se basaba en el análisis de pequeños fragmentos que representan menos del 1% del genoma del virus.

Métodos: El método predominante para el genotipado del virus de la PPA se basa en la secuenciación de un fragmento dentro del gen que codifica la proteína estructural p72. La asignación del genotipo se ha llevado a cabo mediante árboles filogenéticos automatizados o comparando la secuencia diana con el gen p72 genotipado más estrechamente relacionado. Para evaluar su idoneidad para la clasificación de genotipos por p72, en este estudio se volvieron a analizar todos los datos genómicos disponibles para el virus de la PPA.

Resultados: Se concluyó que la mayoría de los genotipos basados en p72, cuando se crearon inicialmente, no se identificaron bajo ningún criterio metodológico específico ni se compararon correctamente con los genotipos ya existentes del virus de la PPA.

Conclusión: En base al análisis realizado de las secuencias de la proteína p72, se propone que los veinticinco genotipos actuales, creados exclusivamente a partir de la secuencia p72, se reduzcan a sólo seis genotipos. Para ayudar a diferenciar entre los nuevos y los antiguos sistemas de clasificación de genotipos, se propone utilizar números arábigos (1, 2, 8, 9, 15 y 23) en lugar de los números romanos utilizados anteriormente. Además, se discute la utilidad de genotipar los aislados del virus de la PPA basándose únicamente en la secuencia del gen p72.