Szybkie wykrywanie wirusa ASF metodą CRISPR-Cas

Wirus afrykańskiego pomoru świń (ASFV) jest wysoce zakaźnym patogenem świń, wywołującym wyniszczającą chorobę charakteryzującą się wysoką śmiertelnością w populacjach, które nie miały wcześniej kontaktu z wirusem. Ze względu na ryzyko poważnych strat ekonomicznych związanych z wystąpieniem ogniska ASF w Stanach Zjednoczonych przeznaczono znaczne środki na ochronę sektora trzody chlewnej przed tym zagrożeniem. Utrzymujące się ogniska ASF na Dominikanie i Haiti stanowią dodatkowe zagrożenie dla amerykańskiego sektora trzody chlewnej ze względu na bliskość geograficzną tych krajów oraz przemieszczanie się osób i towarów między nimi a Ameryką Północną. Chociaż prowadzone są programy nadzoru nad ASF, podczas występowania ognisk choroby dostępność testów diagnostycznych możliwych do wykonania w miejscu pobrania próbki (POC), zapewniających czułość i swoistość porównywalną z metodami laboratoryjnymi, takimi jak PCR w czasie rzeczywistym (rtPCR), pozostaje ograniczona. Jednak opracowane niedawno systemy diagnostyczne oparte na technologii CRISPR-Cas mogą zapewniać wyniki o porównywalnej jakości.

Cel i metody: Celem badania było opracowanie niedrogiej metody wizualnego wykrywania ASFV, wykorzystującej technikę CRISPR-Cas12a połączoną z amplifikacją DNA z udziałem polimerazy i rekombinazy (RPA), która mogłaby być stosowana w warunkach terenowych jako test diagnostyczny POC.

Wyniki: Opracowany test CRISPR-Cas12a wykazywał czułość i swoistość porównywalną z metodą rtPCR, zarówno przy wizualnej ocenie wyników, jak i przy pomiarze za pomocą czytnika fluorescencji. W badaniach próbek krwi pełnej pochodzących od zwierząt z podejrzeniem zakażenia ASFV lub od zwierząt niezakażonych test CRISPR osiągnął czułość 98,3% (przy 102 kopiach DNA) oraz swoistość 100%. Wyniki testu RPA-CRISPR można było ocenić wizualnie już po 7 minutach, natomiast maksymalną intensywność fluorescencji uzyskiwano po 40 minutach, uwzględniając etapy RPA i CRISPR.

Wnioski: Uzyskane wyniki stanowią podstawę do przeprowadzenia zakrojonej na szeroką skalę oceny testu POC do wykrywania ASFV. Opracowana metoda zapewnia również wiarygodną procedurę diagnostyczną, którą można stosować w przypadku próbek rutynowo przesyłanych do badań laboratoryjnych.

Niniejsze tłumaczenie zostało wygenerowane automatycznie przy użyciu sztucznej inteligencji. 3tres3 nie gwarantuje dokładności tłumaczenia i nie ponosi odpowiedzialności za ewentualne błędy, pominięcia lub błędne interpretacje. W razie wątpliwości należy zapoznać się z wersją oryginalną.