Przestrzenne wzorce szerzenia się wirusa grypy A między sektorami na komercyjnych fermach świń w USA

Na amerykańskich fermach świń jednocześnie krąży wiele wariantów genetycznych wirusa grypy A (IAV) podtypów H1 i H3.

Cel: Zrozumienie przestrzennych wzorców transmisji wirusów grypy A pomiędzy fermami ma kluczowe znaczenie dla opracowania skutecznych strategii kontroli oraz ograniczenia ryzyka pojawiania się nowych wariantów wirusa.

Metody: W badaniu przeanalizowano 1909 sekwencji genomowych wirusa grypy A pochodzących z 785 amerykańskich ferm świń, reprezentujących 33 systemy produkcyjne w 12 stanach, głównie na Środkowym Zachodzie, w latach 2004–2023. W celu identyfikacji wzorców rozprzestrzeniania się linii genetycznych wirusów H1 i H3 oraz określenia ich migracji przestrzennej w obrębie poszczególnych systemów i pomiędzy nimi przeprowadzono analizy filogeograficzne metodą bayesowską.

Wyniki: Stwierdzono występowanie zarówno migracji wewnątrzsystemowej, jak i między systemami produkcyjnymi, przy czym częściej obserwowano migracje wewnątrzsystemowe. Jednocześnie tempo migracji wirusów H1 i H3 było podobne dla obu typów zdarzeń. Wzorce migracji przestrzennej odpowiadały oczekiwanym kierunkom przemieszczania się świń pomiędzy poszczególnymi segmentami systemów produkcyjnych. Fermy loch zostały zidentyfikowane jako główne źródła wirusa, a dwukierunkową migrację obserwowano pomiędzy nimi a innymi segmentami produkcji, w tym obiektami typu wean-to-finish oraz jednostkami rozwoju loszek remontowych (gilt development units). Wysoką częstość migracji wewnątrzsystemowej stwierdzono pomiędzy fermami położonymi w tym samym regionie, natomiast rozprzestrzenianie się na odległe geograficznie fermy, zarówno wewnątrz, jak i pomiędzy systemami, było rzadsze.

Wniosek: Wyniki wskazują, że priorytetowe kierowanie zasobów do systemów często borykających się z problemami związanymi z grypą oraz ukierunkowanie działań na kluczowe fermy źródłowe, takie jak fermy loch, może stanowić skuteczną strategię zwalczania grypy w komercyjnej produkcji trzody chlewnej w USA.