Ocena roli liczby przebytych porodów u loch w wykrywaniu wirusa PRRSv

Wykorzystanie płynów technologicznych do monitorowania statusu zespołu rozrodczo-oddechowego świń (PRRS) w stadzie hodowlanym zyskało akceptację branży. Jednak niewiele wiadomo na temat dynamiki wykrywania wirusa PRRS RT-qPCR w płynach technologicznych i czynników, które mogą przyczyniać się do utrzymania wirusa PRRS w stadzie po wybuchu epidemii. Niniejsze badanie miało na celu opisanie cotygodniowych wyników RT-qPCR w płynie technologicznym w stadach hodowlanych po wybuchu epidemii oraz ocenę odsetka dodatnich wyników RT-qPCR w grupach loch. W dziewięciu stadach hodowlanych co tydzień przez okres od 19 do 46 tygodni pobierano tkanki z 15 pierwszych, 15 drugich i 15 trzecich lub wyższych miotów (grupy loch pod względem ilości przebytych ciąż). Płyny technologicznezostały zagregowane, a RT-qPCR wykonywano co tydzień według grup loch pod względem liczby przebytych ciąż. Dodatkowo, podzbiór 743 próbek płynów z miotów, które utworzyły 50 grup, jak opisano wcześniej, był testowany za pomocą RT-qPCR indywidualnie, na poziomie miotu. Zgodność między wynikami RT-qPCR próbek płynu grup loch pod względem liczby przebytych ciąż (15 miotów) a wynikami opartymi na indywidualnych testach miotów oceniano za pomocą ogólnego procentu zgodności, statystyki Kappa i testu McNemara. Związek między wynikami RT-qPCR a grupą oceniono za pomocą uogólnionego modelu równań szacunkowych, po uwzględnieniu wpływu tygodnia pobierania próbek, strategii kontroli PRRS w stadzie hodowlanym (tj. otwartej na wymianę lub zamkniętej) i stada. Zastosowano autoregresyjną strukturę korelacji w celu uwzględnienia powtarzających się prób w obrębie stada w czasie.

Ogólna zgodność wyniosła 98%, a statystyka Kappa 0,955 (McNemar p = 1,0). Czułość badania próbek płynów z grup loch pod względem liczby przebytych porodów oszacowano na 100% (95% CI 89-100%), podczas gdy swoistość oszacowano na 94% (95% CI 71-100%). Chociaż mioty zagregowane od loch po pierwszej ciąży miały średnio wyższy odsetek dodatnich wyników RT-qPCR począwszy od 25. tygodnia wybuchu epidemii, odsetek ten nie różnił się znacząco od obserwowanego w przypadku zagregowanych miotów od loch po drugiej i trzeciej lub wyższej ciąży. Ponadto stada, które przerwały wprowadzanie loszek, miały niższe prawdopodobieństwo dodatniego wyniku RT-qPCR PRRS niż stada, które kontynuowały wprowadzanie loszek (OR = 0,35, 95% CI 0,16-0,78).

Na utrzymywanie się wirusa PRRS w płynach technologicznych nie miała wpływu liczba przebytych ciąż przez lochy w większości badanych stad hodowlanych. Nie zaobserwowano niezgodności między wynikami RT-qPCR zagregowanej próbki 15 miotów a wynikami poszczególnych miotów. Ten poziom strategii testowania agregacji miotów może być szczególnie przydatny na ostatnich etapach programu eliminacji przy niskiej częstości występowania wirusa PRRS.