Economicamente, il circovirus suino tipo 2 (PCV2) è uno dei virus più importanti in suinicoltura. Può determinare una serie di malattie, denominate nel suo insieme, di malattie associate al circovirus suino (PCVD). Il primo vaccino nei confronti del PCV2 è stato messo in commercio nel 2004, oggi: la maggior parte dei suini è vaccinata. In Spagna, il secondo produttore europeo nella UE, arriva all'84% di vaccinazione dei propri capi.Negli USA, questo valore è ancora maggiore.

Recentemente il nostro gruppo di ricerca sta studiando l'immunità indotta dal vaccino e come questa può influenzare l'evoluzione del PCV2. Di fatto, i risultati pubblicati ultimamente mostrano che attualmente negli allevamenti industriali, circolano differenti varianti di PCV2 (Kekarainen et al., 2014). Parte di questa variabilità è stata identificata con le differenti frequenze e posizioni genomiche di PCV2 in allevamenti vaccinati e non vaccinati. Inoltre, molte variazioni del posizionamento degli aminoacidi si localizzano in regioni epitope, importanti nell'attivazione del sistema immunitario, e che in precedenza furono identificate attraverso metodi sperimentali. In questo studio è stato applicato il sequenziamento di nuova generazione (NGS, in inglese) sul PCV2: questo ha permesso si identificare varianti di bassa frequenza. Queste varianti di bassa frequenza non sono rilevabili con i metodi tradizionali di sequenziamento, ma possono giocare un ruolo rilevante nell'infezione e trasmissione del virus, ma sopratutto sull'evoluzione del virus. Il vantaggio della tecnica NGS è la grande quantità di dati ottenuti. Analisi bioinformatiche realizzate in seguito permettono studi dettagliati sulle popolazioni virali a livello di tutto il genoma. Queste tecnologie sono utilizzate per comprendere meglio l'evoluzione virale in risposta all'immunità determinata dalla vaccinazione e dalla resistenza ai farmaci. (Grad et al, 2014; Ortega-Prieto et al, 2013; Tsibris et al, 2009).
Allora...perchè è interessante studiare la possibile evoluzione virale provocata dal vaccino contro il PCV2? Le caratteristiche del PCV2 che lo rendono adeguato allo studio sono:

Struttura del virus PCV2. Rappresentazione della superficie di tutto il capside del PCV2, pro un asse triplo icosaedrico. Il taglio trasversale triangolare corrisponde ad un capsomero trimerico di proteine dell'envelope (inferiore a destra) per illustrare il contesto biologico reale del virione. Protein Data Bank ID: 3R0R.
Nonostante i vaccini vs PCV2 mostrino elevati livelli di efficacia ed un ottimo ritorno economico (Playa e Meng, 2012), non dobbiamo dimenticare la variabilità e l'evoluzione nelle popolazioni di suini vaccinati.