La rivalutazione dei genotipi della PSA rivela l'esistenza di soli 6 cluster p72 distinti
Spinard E, Dinhobl M, Tesler N, Birtley H, Signore AV, Ambagala A, Masembe C, Borca MV, Gladue DP. A Re-Evaluation of African Swine Fever Genotypes Based on p72 Sequences Reveals the Existence of Only Six Distinct p72 Groups. Viruses. 2023; 15(11):2246. https://doi.org/10.3390/v15112246
30-Apr-2024 (1 anni 11 mesi 15 giorni fa)Il virus della peste suina africana (PSA/ASF) sta attualmente causando una pandemia globale altamente letale nei suini domestici e nei cinghiali. Attualmente in Vietnam vengono commercializzati vaccini ricombinanti vivi attenuati basati su un ceppo virale di genotipo II. Con 25 genotipi del virus della PSA descritti in letteratura, è importante comprendere le basi molecolari e l’utilità della genotipizzazione del virus della PSA, nonché la reale importanza dei genotipi nell’epidemiologia, trasmissione, evoluzione, controllo e prevenzione del virus della PSA. Storicamente, la genotipizzazione del virus della PSA veniva utilizzata per il monitoraggio epidemiologico della malattia e si basava sull’analisi di piccoli frammenti che rappresentano meno dell’1% del genoma del virus.
Metodi: Il metodo predominante per la genotipizzazione del virus della PSA si basa sul sequenziamento di un frammento all'interno del gene che codifica per la proteina strutturale p72. L'assegnazione del genotipo è stata effettuata utilizzando alberi filogenetici automatizzati o confrontando la sequenza bersaglio con il gene p72 genotipizzato più strettamente correlato. Per valutare la sua idoneità alla genotipizzazione mediante p72, in questo studio sono stati rianalizzati tutti i dati genomici disponibili per il virus della PSA.
Risultati: Si è concluso che la maggior parte dei genotipi basati su p72, quando inizialmente creati, non sono stati identificati in base ad alcun criterio metodologico specifico né sono stati confrontati correttamente con i genotipi del virus della PSA già esistenti.
Conclusione: Sulla base dell'analisi effettuata sulle sequenze della proteina p72, si propone di ridurre gli attuali 25 genotipi, creati esclusivamente dalla sequenza p72, a soli 6 genotipi. Per aiutare a differenziare tra il nuovo e il vecchio sistema di classificazione del genotipo, si propone di utilizzare numeri arabi (1, 2, 8, 9, 15 e 23) invece dei numeri romani precedentemente utilizzati. Inoltre, viene discussa l'utilità della genotipizzazione degli isolati del virus della PSA basata esclusivamente sulla sequenza del gene p72.