Microbiote, dysbiose et utilisation des antimicrobiens chez le porc

La production porcine moderne est confrontée à des défis de plus en plus complexes pour préserver la santé des animaux et maintenir les performances zootechniques. Même lorsque des interventions ciblées sont mises en œuvre contre des agents pathogènes spécifiques, il est fréquent d'observer des lots présentant des performances inférieures aux attentes ou des épisodes pathologiques persistants. Une question essentielle se pose alors : prenons-nous réellement en compte l'ensemble des facteurs qui influencent la santé animale ?

Parmi les éléments souvent négligés figure le microbiote, véritable « organe invisible », qui joue un rôle essentiel dans la santé, l'immunité et les performances des porcs. Comprendre sa dynamique ainsi que les mécanismes conduisant à son déséquilibre est devenu indispensable à la réussite des programmes de santé et de nutrition (Wang et al., 2025).

Microbiote et microbiome

Le microbiote désigne la communauté de micro-organismes qui colonise un site spécifique de l'hôte, comme l'intestin, les voies respiratoires ou la peau. Ces micro-organismes interagissent entre eux ainsi qu'avec leur hôte, formant un écosystème hautement dynamique.

Avec les progrès des technologies de séquençage à haut débit (NGS, Next-Generation Sequencing), la recherche ne se limite plus à identifier les micro-organismes présents, mais s'intéresse également à leurs fonctions. Cette évolution a conduit au concept de microbiome, qui englobe l'ensemble des génomes microbiens et de leurs fonctions métaboliques (Berg et al., 2020), permettant de mieux comprendre leur influence sur la physiologie de l'hôte et sur sa réponse immunitaire.

Le microbiote n'est pas statique : il s'adapte et évolue

La colonisation microbienne chez le porc débute dès la vie intra-utérine, puis s'intensifie à la naissance et lors des premiers contacts avec l'environnement. La composition initiale du microbiote influence directement le développement du système immunitaire, l'efficacité alimentaire ainsi que la résistance aux infections tout au long de la vie de l'animal (Liu et al., 2023 ; Monteiro et al., 2022).

Cependant, le microbiote n'est pas statique. Il s'adapte en permanence sous l'effet de facteurs physiologiques, nutritionnels, environnementaux et liés aux pratiques d'élevage. Cette plasticité détermine la capacité de l'animal à maintenir l'équilibre entre la santé et la maladie (Luo et al., 2022).

Eubiose et dysbiose : les deux faces d'un même écosystème

L'eubiose correspond à l'état d'équilibre fonctionnel du microbiote, dans lequel les micro-organismes bénéfiques coexistent en harmonie, contribuant à la protection de l'hôte et au maintien de l'homéostasie physiologique.

À l'inverse, la dysbiose se caractérise par la perte de cet équilibre, qui peut résulter d'une diminution de la diversité microbienne, d'une modification de l'abondance relative des différentes populations microbiennes ou d'une altération des fonctions protectrices du microbiote.

La dysbiose est souvent déclenchée par des perturbations environnementales ou physiologiques associées à différents facteurs de stress, tels que :

• les transitions alimentaires brutales ;
• le sevrage précoce ;
• le stress thermique ;
• les co-infections ;
• une utilisation inappropriée des antimicrobiens.

Au-delà de la perte de diversité microbienne, la dysbiose se traduit par une diminution des fonctions protectrices du microbiote, créant des conditions favorables à la prolifération de pathogènes opportunistes et au développement de processus inflammatoires chroniques.

Les animaux présentant une dysbiose sont ainsi plus sensibles aux infections, affichent des performances zootechniques réduites et présentent une incidence plus élevée de maladies entériques et systémiques (Tang et al., 2025). Le maintien de l'eubiose est donc essentiel pour préserver l'une des principales barrières naturelles de défense de l'animal contre les maladies.

Comment le microbiote protège-t-il contre les maladies ?

Un microbiote équilibré agit comme une barrière naturelle grâce à différents mécanismes :

En pratique, quels sont les facteurs qui influencent le microbiote ?

De nombreux facteurs influencent la composition et la stabilité du microbiote porcin. Parmi eux, la qualité de l'alimentation, les pratiques d'élevage et l'environnement jouent un rôle déterminant dans le maintien de l'équilibre microbien (Tang et al., 2025).

	Nutrition Des régimes contenant un excès de protéines non digestibles, une faible teneur en fibres fermentescibles ou des transitions alimentaires trop rapides au moment du sevrage peuvent favoriser la fermentation protéolytique et la production de métabolites toxiques. Une utilisation inappropriée des additifs alimentaires peut également compromettre l'eubiose.
	Conduite d'élevage et environnement Le stress thermique, social ou lié aux manipulations entraîne une augmentation du cortisol et perturbe l'immunomodulation ainsi que l'équilibre du microbiote. De mauvaises conditions d'hygiène et une qualité insuffisante de l'eau favorisent également la pression infectieuse.
	Facteurs physiologiques et génétiques L'âge, la génétique et la présence d'infections immunodépressives (virales ou bactériennes) modulent directement la composition du microbiote et la sensibilité de l'animal aux maladies.

Antimicrobiens : quel impact sur le microbiote et la dysbiose ?

L'un des principaux facteurs favorisant l'apparition d'une dysbiose est l'utilisation inappropriée des antimicrobiens (AM). Bien qu'ils soient indispensables au traitement des infections, leur usage continu et indiscriminé peut avoir des conséquences néfastes sur la santé animale et la durabilité des systèmes de production (Upadhaya et Kim, 2022).

Le mécanisme d'action des antimicrobiens, destiné à éliminer les agents pathogènes, affecte également directement le microbiote et son équilibre.

Réduction de la diversité et perte de fonctionnalité Les antimicrobiens, en particulier ceux à large spectre, réduisent fortement la diversité microbienne et perturbent l'équilibre du microbiote, compromettant ainsi ses fonctions.

Sélection de bactéries résistantes Une utilisation inappropriée des antimicrobiens favorise la sélection de bactéries résistantes, en éliminant les populations sensibles et en permettant aux souches résistantes de proliférer et de provoquer de nouvelles infections ou des rechutes après le traitement.

Perte de résilience À la suite d'un traitement antimicrobien, le microbiote perd une partie de sa diversité et de ses fonctionnalités, ce qui réduit sa capacité de récupération. Cette diminution de la résilience accroît la sensibilité à la dysbiose, aux infections récurrentes et aux rechutes à long terme.

Adapté de Seekatz AM et al., 2022

Le défi de la réduction des antimicrobiens et les alternatives disponibles

À l'échelle mondiale, la restriction de l'utilisation des antimicrobiens en production animale tend à se renforcer, sous l'effet des préoccupations croissantes liées à l'antibiorésistance (AMR), considérée comme l'un des principaux enjeux de santé publique à l'échelle mondiale.

La réduction de l'utilisation des antimicrobiens ne doit pas être considérée comme une impasse thérapeutique ou un manque d'alternatives, mais comme la nécessité d'adopter de nouvelles stratégies de gestion sanitaire. L'approche du vétérinaire doit évoluer d'une médecine essentiellement curative vers une démarche davantage préventive, en privilégiant la modulation du microbiote, le maintien de l'eubiose et le renforcement de la résilience comme piliers d'une production porcine durable.

Aujourd'hui, plusieurs alternatives sûres et efficaces sont disponibles, parmi lesquelles :

Probiotiques Micro-organismes bénéfiques (par exemple Lactobacillus ou Bacillus) qui entrent en compétition avec les agents pathogènes, stimulent la réponse immunitaire et contribuent à l'équilibre du microbiote, notamment au moment du sevrage.

Prébiotiques Fibres fonctionnelles (FOS, MOS, inuline, etc.) qui stimulent le développement des bactéries bénéfiques et favorisent la production d'acides gras à chaîne courte (AGCC), essentiels au maintien de l'intégrité intestinale.

Acides organiques Ils abaissent le pH gastrique et intestinal, limitant ainsi le développement d'Escherichia coli et de Salmonella, tout en améliorant la digestion et le contrôle des infections entériques.

Peptides antimicrobiens (AMP) Molécules exerçant une activité directe contre les agents pathogènes tout en ayant un impact limité sur le microbiote commensal, avec en outre un potentiel effet immunomodulateur.

Composés phytochimiques et extraits végétaux Composés naturels aux propriétés anti-inflammatoires, antioxydantes et antimicrobiennes sélectives, qui contribuent à la santé intestinale et à l'amélioration des performances zootechniques.

Conclusions

Les interactions entre le microbiote, la dysbiose et les maladies sont multifactorielles et nécessitent une approche intégrée associant nutrition, conduite d'élevage, environnement et utilisation raisonnée des antimicrobiens. Intégrer le concept de santé du microbiote dans les stratégies de production constitue une étape essentielle vers une production porcine plus durable, plus performante et en adéquation avec les principes de l'approche « One Health ».