Reavaliação dos genótipos da PSA revela a existência de apenas seis agrupamentos distintos
Spinard E, Dinhobl M, Tesler N, Birtley H, Signore AV, Ambagala A, Masembe C, Borca MV, Gladue DP. A Re-Evaluation of African Swine Fever Genotypes Based on p72 Sequences Reveals the Existence of Only Six Distinct p72 Groups. Viruses. 2023; 15(11):2246. https://doi.org/10.3390/v15112246
11-Abr-2024 (há 2 anos 18 dias)O vírus da Peste Suína Africana (PSA) está causando uma pandemia global altamente letal em suínos domésticos e javalis. Atualmente, vacinas vivas recombinantes atenuadas baseadas numa estirpe do genótipo II do vírus são comercializadas no Vietnã. Com 25 genótipos do vírus da PSA descritos na literatura, é importante compreender a base molecular e a utilidade da genotipagem do vírus, bem como a verdadeira importância dos genótipos na epidemiologia, transmissão, evolução, controlo e prevenção da doença. Historicamente, a genotipagem do vírus PSA foi utilizada para monitoramento epidemiológico da doença e baseava-se na análise de pequenos fragmentos que representam menos de 1% do genoma do vírus.
Métodos: O método predominante para a genotipagem do vírus PSA baseia-se no sequenciamento de um fragmento dentro do gene que codifica a proteína estrutural p72. A atribuição de genótipos foi realizada usando árvores filogenéticas automatizadas ou comparando a sequência alvo com o gene p72 genotipado mais estreitamente relacionado. Para avaliar a sua adequação para genotipagem por p72, todos os dados genômicos disponíveis para o vírus da PSA foram reanalisados neste estudo.
Resultados: Concluiu-se que a maioria dos genótipos baseados em p72, quando inicialmente criados, não foram identificados sob quaisquer critérios metodológicos específicos nem foram corretamente comparados com os genótipos do vírus PSA já existentes.
Conclusão: Com base na análise realizada nas sequências da proteína p72, propõe-se que os atuais vinte e cinco genótipos, criados exclusivamente a partir da sequência p72, sejam reduzidos a apenas seis genótipos. Para ajudar a diferenciar entre os novos e antigos sistemas de classificação de genótipos, propõe-se a utilização de algarismos arábicos (1, 2, 8, 9, 15 e 23) em vez dos algarismos romanos anteriormente utilizados. Além disso, é discutida a utilidade da genotipagem de isolados de vírus da PSA com base apenas na sequência do gene p72.