Diagnóstico laboratorial: E. coli (Diarreia)

Alejandro Ramirez
28-Abr-2021 (há 5 anos 1 dias)

Testes disponíveis

Cultivo bacteriano

Isolamento de organismos vivos
Tipo de amostra: fezes, conteúdo intestinal.
Prós:
- As bactérias são fáceis de crescer em 1 dia
- Fácil de fazer em qualquer laboratório (mesmo interno).
- Custo relativamente baixo.
Contras:
- Algumas E. coli formam parte da flora intestinal normal.
- Os suínos tem várias E. coli ao mesmo tempo.
- Se os suínos forem previamente tratados com antibióticos, isso pode prevenir o crescimento bacteriano.

Susceptibilidade antimicrobiana (antibiograma)

Teste in vitro: capacidade de um organismo vivo de crescer sob concentrações específicas de diferentes antimicrobianos.
Tipo de amostra: fezes, conteúdo intestinal.
Prós:
- Identificação de suscetibilidade ou resistência de cepas específicas a antimicrobianos comuns.
- Identificação de tendências de resistência antimicrobiana.
Contras:
- Requer um isolado bacteriano.
- Os testes in vitro podem diferir ligeiramente dos resultados in vivo.
- Alguns antimicrobianos específicos podem não ser incluídos ou exigir testes especiais separados.
- Custo moderado.

Histopatologia

Avalia a presença de lesões de tecido (dano) que podem confirmar a presença de doença. Às vezes, a presença de organismos também pode ser detectada diretamente (bactérias e parasitas) ou indiretamente (vírus) usando colorações especiais adicionais.
Tipo de amostra: tecidos.
Prós:
- Associa adesão bacteriana com dano intestinal.
- Nenhuma coloração especial é necessária.
Contras:
- Os tecidos intestinais precisam de fixação com formalina dentro de 15 minutos após a morte do animal. O tecido intestinal se decompõe rapidamente.
- A doença pode ser segmentar, portanto, várias amostras intestinais devem ser enviadas.

Genotipagem

Técnica de PCR (reação em cadeia da polimerase), que detecta a presença de uma sequência específica de ácidos nucléicos (DNA) associada a genes de virulência conhecidos.
Prós:
- Realizado por PCR; fácil de fazer.
- Ajuda a identificar a patogenicidade detectando a presença de genes (não necessariamente expressão gênica) associados a fatores de virulência.
  - Genes de toxinas: EAST1, LT, STa, STb, Stx1, Stx2, Stx2e.
  - Genes de Pilus: F18, F41, K88 (F4), K99 (F5), 987P (F6).
  - Genes de Adesinas: AIDA, EAEA, PAA.
- Facilita a seleção adequada da vacina (combinando pili correto).

Genes de E. coli detectados mediante genotipificação por PCR e por sua função.

Gene	Tipo	Descrição
EAST1	Toxina	A toxina intestinal se liga ao mesmo receptor e estimula a mesma via secretora que a Sta (a causa da diarreia não está bem estabelecida)
LT	Toxina	Toxina Intestinal que estimula a secreção intestinal
STa	Toxina	Toxina intestinal que estimula a secreção intestinal, principalmente em leitões (diminui a absorção de água e eletrólitos)
STb	Toxina	Toxina intestinal que estimula uma diarreia secretora principalmente suínos mais velhos (aumenta a secreção dos enterócitos)
Stx1	Toxina	Toxicidade intestinal pode ser encontrada em cepas patogênicas e não patogênicas.
Stx2	Toxina	Toxicidade intestinal pode ser encontrada em cepas patogênicas e não patogênicas.
Stx2e	Toxina	Toxina sistêmica que induz dano vascular e doença do edema.
F18 (F107)	Adesina	Pili (fimbria) usado para aderir que está presente após os 20 dias de idade e comumente associado a diarreia pós-desmame e doença do edema.
F41	Adesina	Pili (fimbria) usada para adesão principalmente em recém nascidos.
K88 (F4)	Adesina	Pili (fimbria) usada para permitir adesão em animais de todas as idades.
K99 (F5)	Adesina	Pili (fimbria) usada para adesão principalmente em neonatos.
987P (F6)	Adesina	Pili (fimbria) usada para adesão principalmente em neonatos.
AIDA	Adesina	Adesina envolvido na adesão não fimbrial difusa, mais comumente encontrada em conjunto com F18.
EAE	Adesina	Adesina não fimbrial, que contribui para lesões de "attaching-and-effacing".
PAA	Adesina	Adesina não fimbrial essencial para a ocorrência de lesões de "attaching-and-effacing".

Contras:
- Requer isolamento bacteriano.
- Os suínos podem ter mais de uma linhagem ao mesmo tempo, então devemos esperar ter isolado a linhagem correta..
- Preço moderado, mas geralmente apenas uma cepa isolada é testada.

Interpretação de resultados

Cultivo bacteriano

A interpretação da hemólise depende da idade dos animais:
- Pré desmame: E. coli. não hemolítica
- Pós desmame: E. coli hemolítica.
Pureza:
- Crescimento puro: altamente sugestivo de que contribui para a doença.
- Crescimento misto: valor questionável.
Quantidade:
- Alta: altamente sugestivo de que está contribuindo com a doença.
- Moderado: interpretação variável.
- Baixo: valor questionável (poderia ser um contaminante).
- Sem crescimento: Animal possivelmente tratado previamente com antibióticos para o agente, sem contribuição significativa.

Susceptibilidade antimicrobiana (antibiograma):

Suscetível: Possível boa escolha para tratamento se o antimicrobiano puder atingir o tecido-alvo.
Resistente: um antimicrobiano diferente deve ser selecionado.
CIM: Se a CIM (concentração inibitória mínima) for realizada, deve-se garantir que o antimicrobiano selecionado atinja o valor da CIM indicado no órgão-alvo.

Histopatologia

Positivo: Forte associação como causa se for capaz de demonstrar lesões intestinais com E. coli aderindo as células epiteliais.
Negativo: Sem lesões intestinais.

Genotipagem

A genotipagem é muito valiosa para identificar se a E. coli isolada contém algum dos fatores de virulência que dariam suporte ao isolado como patógeno.

Coleta de amostrar para análises

Suínos com diarreia (qualquer idade) :

Colete swabs retais de 2 ou mais animais com diarreia, não tratados com antibióticos e envie-os para cultura bacteriana, antibiograma e genotipagem.
Eutanásia 1-3 leitões com diarreia que não receberam tratamento. Colete imediatamente 3 amostras de intestino de cada leitão e coloque-as em solução de formaldeído. Colete amostras frescas de intestino para enviá-las refrigeradas para cultura bacteriológica, antibiograma e genotipagem.